Никон трудился над своими "Возражениями", вероятно, довольно продолжительное время, судя по тому, что в предпоследнем возражении упоминает о событии, случившемся уже в июле и августе 1663 г., да иначе и невозможно было написать такую громадную книгу. Он, кажется, думал, что, чем обширнее будут его "Возражения", тем убедительнее и тем сильнее он поразит своих противников, но вышло наоборот. Он всячески старался распространять и подкреплять свои мысли, не только главные, но и побочные, набором библейских текстов и церковных правил и выдержками из других книг. Но среди этого множества текстов и правил, приведенных притом большею частию неудачно и мало относившихся к делу, мысли самого Никона как бы расплывались и терялись, и уследить за ними по местам до крайности трудно. Нужно иметь великое терпение, чтобы читать книгу Никона даже по частям, и если предположить, что он успел выпустить ее и распространить, по крайней мере между своими приверженцами, то, наверно, мало нашлось охотников, чтоб прочесть и осилить ее всю. Видеть в этой книге обширную начитанность и ученость Никона не совсем основательно. Он имел под руками Библию, печатную Кормчую, толковое Евангелие и Апостол, да еще две-три книги и черпал из них полною рукою сколько хотел, а делать это, особенно из Кормчей при ее указателе, было вовсе нетрудно. Он переписал в свою громадную книгу едва ли не четверть Кормчей и разве только немногим меньше Библии, а многие тексты и правила переписал даже по нескольку раз - хотя, с другой стороны, невозможно отвергать и того, что Никон действительно хорошо знал и Библию и Кормчую еще прежде, чем принялся за свои "Возражения". Нравственный же облик Никона является в книге, к сожалению, в самом непривлекательном виде. Вопреки правде Никон утверждает, что не отрекался от своего престола, что все сказки об этом очевидцев - выдумка, что бывший на него Собор в Москве был только слепым орудием царя, что сам царь умолял его, Никона, писаться великим государем и пр. Вопреки правде с озлоблением нападает на Уложенную книгу и называет ее проклятою за то, будто она отдала весь суд над архиереями и вообще духовенством мирским людям, а не по одним только делам исковым. Вопреки правде и христианской любви называет своих противников, Паисия, Питирима, князя Одоевского, антихристами, безбожниками и другими поносными именами, а самого царя клятвопреступником, гонителем Церкви, нарушителем всех заповедей Божиих, всех канонов. Книга дышит гордостью, гневом, даже ненавистию и оставляет в душе читателя самое тяжелое впечатление.
Между тем, пока Никон писал свою книгу "Возражений", события шли своим чередом. Месяца через три или четыре после того, как Паисием Лигаридом составлены были ответы на вопросы Стрешнева, в один из дней Четыредесятницы (Филиппова поста), тот же Паисий, как сам говорит, "приглашен был частным образом думными боярами и спрошен, каким образом Церкви избавиться от такого продолжительного вдовства, ибо постыдно ей быть без пастыря. Я отвечал: легко избавиться, если только правительство от души согласится исполнить мою мысль". Государь, которому было передано сказанное Паисием, изъявил согласие и после многих вопросов и предложений Паисию в частной с ним беседе произнес: "Ради самой истины открой мне твою мысль о средствах к исправлению Церкви нашей". Паисий отвечал: "Отправь грамоты к четырем Восточным патриархам, и объяви им все дело о Никоне, и тотчас же достигнешь своего желания". Государь обещал подумать об этом и посоветоваться с боярами. Долго ли он размышлял и совещался с боярами, но окончательное решение в душе его последовало 21 декабря 1662 г., вдень памяти святителя Московского Петра. В этот день, как говорится в официальной записке, великий государь, находясь на всенощном бдении в соборной церкви у мощей святителя, "прииде во умиление" о ней, что она вдовствует без пастыря уже пятое лето, и о несогласии в церковном пении и в церковных службах, вследствие чего в народе многое размышление и соблазн, а в иных местах и расколы, и о том, что Никон, хотя оставил свой престол, предает проклятию людей без соборного решения и без всякого испытания и творит иные подобные дела. И в тот же день, 21 декабря, государь дал указ:
1. Ради всяких церковных вин, которые учинились на Москве при бытии патриарха Никона и доныне действуют, быть Собору в мае или в июне 1663 г.
2. На этот Собор пригласить Вселенских патриархов и всех русских архиереев, для чего тем и другим послать царские грамоты.