В начале 1663 г. сосед Воскресенского монастыря по имениям Иван Сытин, уже имевший дело с патриархом Никоном, подал на него новую челобитную, в которой жаловался, что Никон пытал пыткою его крестьян, а иных и перевешал. Царь прислал челобитную к Никону, и Никон отвечал государю: "Свидетельствуюсь св. Евангелием, что я того дела совсем не ведаю. То сделал малый, иноземец, который, застав крестьян Сытина на озере в воровстве рыбы, побил их без моего ведома батогами. Этого малого посылаю к тебе, государю, для расспросов; сотвори суд праведный, как имеешь сам судиться в день Судный... Попомни свое обещание, данное при нашем избрании в великой церкви, чтобы тебе не вступаться ни во что священное, как творишь ты ныне над нами великие неправды, слушаешь клеветников - врагов Божиих... Писал бы еще о многом, но скудость возбраняет: не имею и бумаги". Иноземец, однако ж, посланный Никоном, его боярский сын Александр Лускин, показал (22 февраля), что на озере он действительно сам, без ведома патриарха побил батогами пойманных в воровстве крестьян, но потом, когда крестьяне начали грозиться поджогом и он, схватив их, привел в Воскресенский монастырь, то Никон велел побить их за ту похвальбу в другой раз батогами. Тогда царь послал (25 февраля) сказать об этом Никону и спросить его, во что священное царь вступается, каких клеветников слушает, какие великие обиды творит ему. Никон отвечал: "Я свидетельствовался Евангелием в том только, что без моего ведома крестьяне побиты на озере иноземцем за воровство, а не в том, что они в монастыре биты, здесь действительно я велел побить их слегка батогами за их невежество предо мною. А в священное как государь не вступается? У меня все отнято: митрополитами и всем духовным чином государь владеет... Кто клеветники? Да вот такие, как Роман Боборыкин и Иван Сытин. Их челобитные на меня государь принимает, творит о тех делах сыски, а о чем я государю челом бью, указов о том не получаю... Какие обиды государь мне творит? Разослал грамоты по всем монастырям, и "про посулы и про взятки, что я, будучи на патриаршестве, у кого взял, сыскивают". Лживых свидетелей, которым быть на Соборе, - а Собору я и сам рад, только бы был праведный, подкуплено против меня с пятьсот человек, а чтоб подкупить еще других в Палестине, туда послано 30000 рублей. Газский митрополит по указу государеву на меня пишет и путает, да у меня есть его тетради, и я дам ему ответ во всем не только правилами, но и Евангелием... Ваши духовные власти грамоте умеют немногие, а Питирим митрополит и того-де не знает, почему он человек..." Тогда царские посланные заметили Никону: "Напрасно он говорит, будто он один грамоте умеет; из всяких чинов найдутся люди, готовые говорить с ним книжным учением и правилами, а говорить есть что; только все удержано государскою милостию до Собора, а на Соборе будут Вселенские патриархи".
Месяца через два возобновилось дело Боборыкина с Никоном, начавшееся и продолжавшееся в 1660 - 1661 гг., но тогда не оконченное, - дело о спорной земле, с которой Никон, не дождавшись царского указа, приказал своим людям снять сено и хлеб и свезти в пользу монастыря. Дело остановилось на том, что Никон отказался выслать монастырских крестьян для расспросов в Москву и написал к царю резкое письмо. И как после этого не последовало из Москвы никакого указа о свезенном сене и хлебе, то Никон приказал хлеб обмолотить - в умолоте вышло зерна, по монастырским записям, будто бы 67 четвертей. Боборыкин в течение 1662 г. много раз приезжал в монастырь и настаивал, чтобы ему хлеб тот отдали. Но хлеб был уже издержан, и Никон говорил Боборыкину, чтобы он подождал, что купит столько же хлеба и отдаст. Не дождавшись исполнения этого обещания, Боборыкин с наступлением 1663 г. подал опять челобитную на Никона, и из Москвы присланы были в Воскресенский монастырь окольничий Сукин да дьяк Брехов с царским указом, чтобы Никон учинил с Боборыкиным сделку во всем.