В половине мая 1654 г. Алексей Михайлович уехал из Москвы на войну с поляками - в отсутствие государя могущество Никона сделалось еще заметнее. К концу того же месяца прибыли в Москву послы от Киева ходатайствовать об утверждении прежних прав этого города и о даровании ему новых льгот. Просьбы послов, изложенные по статьям, равно и представленные послами документы - грамоты польских королей, рассматривали и обсуждали бояре и постановляли по ним решения, а утверждал эти решения за отсутствием государя патриарх Никон. Под некоторыми из статей помечено: "Великий государь святейший патриарх указал быть по боярскому приговору"; под другими: "Святейший патриарх указал и бояре приговорили быть по королевскому привилею"; под третьими: "Великий государь святейший патриарх указал о льготе на 10 лет" и подобное. На войне царю Алексею Михайловичу понадобились для войска подводы - и Никон рассылал по всему государству к воеводам городов свои грамоты, в которых, как, например, в грамоте к вологодскому воеводе (от 9 июля 1654 г.), писал: "Указал государь царь и великий князь Алексей Михайлович всея Русии и мы, великий государь, со всех монастырей быть для его государевой службы под Смоленском подводы с телегами, с проводниками... и по нашему указу довелось с вологодских монастырей взять... а однолично тебе государева нашего указу в оплошку не поставить..." и пр. К концу июля вследствие открывшегося морового поветрия патриарх Никон по воле государя выехал из Москвы вместе с царским семейством, которое было вверено его попечению и которое после нескольких передвижек, остановилось наконец в Калязином монастыре. Туда присылали воеводы из Москвы и из других городов известия о ходе поветрия, и Никон от имени младенца, царевича Алексея Алексеевича, которому едва исполнилось несколько месяцев, а иногда от имени царевича и царицы давал указы гражданским властям о мерах предосторожности против поветрия. Туда же приходили и от царя из Белоруссии первые известия о его победах, и Никон слал грамоты к московским воеводам, чтобы в Москве отправляемы были торжественные молебствия. Случалось, что он давал этим воеводам указы именем самого царя государя, например, указ о запрещении немцам торговать в своих домах в Новой слободе. И знатные московские воеводы, которым царь доверил свою столицу на время его отсутствия: князь Михаил Петрович Пронский, три князя Хилковы да князь Василий Ромодановский, в своем ответе Никону (август 1654 г.) выражались: "Великому государю святейшему Никону, патриарху Московскому и всея Великия и Малыя России, Мишка Пронский с товарищи челом бьют. В твоей государеве грамоте писан к нам царев и вел. князя Алексея Михайловича указ велети нам сказать московским торговым немцам..." и пр. Так раболепно выражались бояре о своем имени только пред царем государем.
В начале февраля 1655 г. Алексей Михайлович возвратился было в Москву, где уже не было морового поветрия, но спустя месяц снова отправился на войну в Литву и находился там до 10 декабря. В 15-й день мая 1656 г. царь в третий раз выехал из Москвы в поход, и уже не против польского, а против шведского короля, и воротился в нее только 17 генваря 1657 г. Во все это время Никон оставался в столице главным действующим лицом. Он рассылал воеводам и другим властям грамоты, в которых именем царя и вместе своим указывал высылать из монастырских вотчин то лошадей, то хлебные запасы для царского войска. Иногда (16 августа 1656 г.) слал воеводам свои указы от имени царевича Алексея, а иногда (18 октября) и от своего собственного имени.