Недолго управлял Церковью патриарх Никон: всего шесть лет. Но надобно удивляться, как и шесть лет мог он устоять на высоте своей святительской кафедры. С самого вступления на нее он принялся за исправление церковных книг и обрядов на основании древних греческих и славянских рукописей и вел дело с такою горячею ревностию и непреклонностию воли. Но истинное значение этого дела, его важность и настоятельную нужду для Церкви понимали тогда у нас вполне кроме самого Никона только весьма немногие. Все другие или мало понимали, или вовсе не понимали и покорялись Никону кто лишь по чувству страха пред ним, кто по чувству уважения к церковной власти, в частности к власти Восточных патриархов и Соборов, принимавших участие в этом деле. Некоторые же тотчас открыто протестовали против предприятия Никонова и говорили, что наши церковные книги, изданные при прежних патриархах, вовсе не требуют исправлений и содержат истинную православную веру, которою спасались наши предки, что Никон не правит, а портит книги, искажает старую веру и вводит новую, что он еретик - враг Божий. И при том грубом невежестве, какое господствовало у нас, при всеобщей слепой привязанности к церковным обрядам, как будто в них заключается самая вера, этот протест нашел себе тайное сочувствие во всех слоях нашего общества и всюду возбуждал неприязнь и ненависть к Никону. А те крутые и суровые меры, какие поспешил он употребить против своих противников (увы, Никон в этом отношении не был выше своего века), только еще более усилили общее сочувствие к мнимым страдальцам за веру и ненависть к их гонителю. Неудивительно, если в среде этих мнимых страдальцев, ожесточенных врагов Никона, весьма рано возникла мысль, как бы свергнуть его с патриаршего престола, и если главнейший из них - Неронов, имевший большие связи в самой Москве и даже при дворе государевом, еще в 1654 г. с уверенностию публично произнес в Вологде известные уже нам слова о Никоне: "Да будет время, и сам из Москвы побежишь никем же гоним, токмо Божиим изволением; да и ныне всем вам говорю, что он нас посылает вдаль, а вскоре и самому ему бегать". Возревновал Никон против икон латинского письма, но и тут поступил слишком круто и резко. Велел насильно отобрать латинские иконы из всех частных домов и на одних иконах совсем выскоблить лики святых, на других выколоть им глаза и в таком виде носить иконы по улицам Москвы. Православные, глубоко чтившие святые иконы и большею частию не умевшие хорошо различать своих икон от латинских, были поражены и увидели в Никоне иконоборца. И когда вскоре за тем в Москве открылся страшный мор, то толпы народа явились на площадях Кремля и, держа в руках иконы, выскобленные по приказанию Никона, вопили: вот за что постиг нас гнев Божий, так поступали иконоборцы, во всем виноват Никон, мирские люди должны постоять за такое поругание святыни. Никона хотели убить, и, может быть, благодаря тому одному, что его не было тогда в Москве, он спасся от неминуемой смерти.
Кроме этих общих причин, возбуждавших более или менее всех против Никона, духовенство и бояре имели еще особые побуждения питать к нему чувства неприязни. Над духовенством Никон властвовал с неограниченною волею и деспотически. Он держал себя высоко и малодоступно по отношению не только к низшему клиру, но и к самим архиереям: не хотел называть их братиями, особенно тех, которые от него получили рукоположение, не уважал их сана, что особенно показал в своем известном поступке с епископом Коломенским Павлом, нарушал их права, отнимая у них монастыри и приходские церкви, которые приписывал к своим излюбленным монастырям и брал под свою непосредственную власть. С беспощадною строгостию и суровостию преследовал всех в среде белого и монашествующего духовенства, кого считал виновными в чем-либо, постоянно наполнял ими свои темницы и наполнил даже отдаленные монастыри Сибири, которые до Никона были почти пусты. Все страшились его, трепетали пред ним и, без сомнения, были бы рады как-нибудь освободиться из-под его тяжелого ига. Для бояр невыносимым казалось уже то, что Никон возвышался над всеми ими своею близостию к государю, своим преобладающим влиянием в советах государя, своею необычайною властию, какой облек его государь. Но еще невыносимее было то, как проявлял Никон над ними эту свою власть, как гордо и повелительно обходился с ними. Еще в бытность его Новгородским митрополитом они говорили: "Неколи-де такого бесчестья не было, что ныне государь выдал нас митрополитом". Что же должны были они чувствовать, когда Никон сделался патриархом и как бы вторым "великим государем", начал давать свои приказы и указы, особенно в отсутствие государя, заставлял их стоять пред собою и с покорностию выслушивать его волю, публично обличал их за то или другое, не щадя их имени и чести? Могли ли они не употреблять всех своих усилий, чтобы свергнуть Никона?