Немало перемен произошло в этот период и в состоянии наших епархий. Вследствие нашествия монголов, которые на пути своем истребляли все - и города, и села, и жителей, закрылись четыре древние епархии: Черниговская, Переяславская, Белгородская и Юрьевская; первая - только на время, а последние - навсегда 116. Другие епархии, подвергшиеся таким же опустошениям, может быть, и не были закрываемы даже на время, но более или менее долго оставались без архипастырей, хотя по имени существовали: о епископе Владимиро-Волынском упоминается только с 1260 г., о Перемышльском - с 1271 г., о Рязанском - с 1284 г., о Галицком - с 1331 г., о Туровском с 1345 г. Епархия Владимирская на Клязьме не имела своего епископа до 1250 г. 117, потом в продолжение четырнадцати лет управляема была митрополитом, с 1274 г. имела своих епископов, которые назывались Владимирскими, Суздальскими и Нижегородскими, а с 1299 г. окончательно перешла в ведение Русских митрополитов 118. Между тем одна за другою возникали новые епархии. Около 1250 г. открыта епархия Холмская по воле галицкого князя Даниила, который, украсив Холм после нашествия Батыева, переместил в него епископскую кафедру из Угровеска. В 1261 г. открыта епархия в Сарае - самой столице татарских ханов; около 1271 г. - в Твери; около 1347 г. - в Суздале; около 1360 г. - в Брянске, куда собственно перенесена кафедра епархии Черниговской; в 1383 г. - в Перми. С 1288 г. упоминается епархия Луцкая, с 1353 г. - Коломенская, с 1389 г. - Звенигородская, которая, впрочем, открыта была только на короткое время. Жители Пскова, издавна находившиеся под властию Новгородского владыки, желали иметь у себя особую епархию и в 1331 г. просили митрополита поставить им епископом избранного ими Арсения, но получили отказ. Таким образом, к концу XIV и в начале XV в. число епархий в Русской Церкви возросло до восьмнадцати, если не считать Звенигородской. Девять из них, со включением епархии митрополичьей, находилось в Руси Северо-Восточной: Владимиро-Московская, заключавшая в себе Владимир, Москву, а иногда Нижний Новгород и Городец, Новгородская, Ростовская, Суздальская, Рязанская, Тверская, Сарская, Коломенская и Пермская. А девять - в Руси Юго-Западной, кроме Киева, принадлежавшего с некоторыми другими городами к епархии митрополичьей: Черниговская, или Брянская, Полоцкая. Смоленская, Галицкая, Перемышльская, Владимиро-Волынская, Холмская, Туровская и Луцкая 119.