Во дни первосвятительства Варлаамова происходили последние вспышки ереси жидовствующих. Ее держались тайно еще многие, особенно между вельможами, которые, по выражению одного почти современного писателя, обратились тогда из страха от ереси к православию только лицом, а не сердцем. Главным покровителем этих мнимо покаявшихся еретиков был старец-князь Вассиан, который, прибыв еще в 1503 г. из своей пустыни в Москву, чтобы подвигнуть великого князя к отобранию имений у духовенства, поселился здесь в Симоновом монастыре, вошел в особенную доверенность государя и сделался таким временщиком, что его боялись некоторые даже более, нежели самого Василия Иоанновича. Вассиан не упускал случаев действовать в пользу покровительствуемой им партии, враждебной православному духовенству и монашеству, и продолжал борьбу с преподобным Иосифом Волоцким. Однажды ученики последнего, Дионисий, князь звенигородский, да Нил Полев, жившие в белозерской пустыне, донесли ему, что нашли следы ереси жидовствующих у двух белозерских пустынников и прислали к нему священника, бывшего свидетелем события. Иосиф препроводил присланную грамоту и священника к Ростовскому архиепископу Вассиану, своему брату, в епархии которого состояли белозерские монастыри и пустыни. Вассиан, находившийся тогда в Москве, представил грамоту великому князю, а великий князь показал ее старцу-князю Вассиану Косому и спросил его: "Хорошо ли делают твои пустынники?" Вассиан отвечал, что все донесение ложно, и когда присланный священник подтвердил справедливость грамоты, то Вассиан просил дозволения отдать его на пытку. Священника пытали, изломали ему ногу, и он умер, но от своих слов не отказался. Великий князь прогневался на старцев Дионисия и Нила, писавших грамоту (хотя следовало бы прогневаться не на них, а на старца-князя Вассиана за такую пытку), и сказал: "Сами между собою бранятся, а меня в грех ввели". И велел сжечь пустыни старцев Дионисия и Нила, а самих отдать под начало в Кириллов монастырь. Вассиан Косой, без сомнения, торжествовал с своею партиею, а Иосиф должен был перенести скорбь с своими учениками. В другой раз, находясь у митрополита Варлаама вместе с Коломенским епископом Митрофаном и встретив там одного из постриженников Иосифовых, Зосиму Ростопчина, Вассиан сказал ему: "Отступники-де есте Божии". И когда Зосима отвечал: "Мы-де, господине, не отступники Божии, христиане есмы", Вассиан еще настойчивее сказал: "Вси-де есте отступники Божии и со учителем вашим". Огорченный до глубины души как этою, так и другими обидами со стороны Вассиана, Иосиф обратился к знатному боярину, дворецкому государеву Василию Андреевичу Челядину и просил его ходатайства и защиты пред государем. "А ведомо, господине, многим добрым людям, - писал, между прочим, преподобный, - что он, Вассиан, похулил весь святительский и иноческий чин, архимандритов и игуменов и всех называет преступниками… И только б государь пожаловал позволил говорить и писать против его речей (значит, Вассиана боялись), то есть что говорить и писать против них. Мы по свидетельству святых седми Вселенских Соборов шли на еретиков да по свидетельству священных правил били челом государю Василию Ивановичу, как прежние святители на Вселенских Соборах били челом прежним православным государям… А Вассиан вопреки всем Божественным правилам стал с еретиками на нас. Но тех, кто на Соборах стоял на еретиков. Божественные писания похваляют и ублажают, а которые стояли за еретиков, тех святые отцы проклинали так же, как еретиков".