Он показал себя достойным архипастырем еще на кафедре Новгородской, на которую был возведен из архимандритов можайского Лужецкого монастыря в 1526 г., марта 4-го. Управляя этою епархиею, он заботился о распространении христианства на севере России и посылал проповедников к чуди и лопарям; заботился об исправлении духовенства, особенно монашествующего: ввел общежитие в новгородских обителях и установил, чтобы женскими монастырями управляли не игумены, а игуменьи и богослужение в женских монастырях совершали не монахи, а женатые священники. Он исправил, расширил, обновил и богато украсил Софийский собор. Но самым любимым, если не самым главным, занятием Макария для пользы не только новгородской паствы, но и всей Русской Церкви было дело книжное. Он поручал одним составлять жизнеописания отечественных святых, другим - переводить полезные книги с иностранного на русский язык. Содержал при себе множество писцов и не щадил никаких издержек, чтобы собирать и списывать жития святых, книги Священного Писания, творения святых отцов и вообще назидательные сочинения, сам пересматривал и исправлял рукописи и переводы и в продолжение двенадцати лет составил огромнейший сборник, известный под именем Великих Чети-Миней на все двенадцать месяцев года. Преданный постоянно делам церковным, Макарий умел в то же время заслужить благоволение гражданского правительства. В 1534 г. великий князь Иван Васильевич вместе с материю своею Еленою пригласил его к сбору денежных пожертвований для выкупа пленников русских, увлеченных татарами, и Макарий немедленно собрал семьсот рублей с монастырей своей обширной епархии и отправил в Москву 22 ноября. Вслед за тем великий князь велел ему самому приехать в Москву. Здесь владыка, представляясь малолетнему государю и его матери (10 генваря 1535 г.), поднес им "по обычаю" многие дары; потом в продолжение 18 дней через день бывал у государя и ходатайствовал пред ним о церквах своей архиепископии и о разных лицах, находившихся в опале. Государь уважил его ходатайство, многих помиловал и, одарив самого ходатая, с честию отпустил в Новгород. В том же году, когда воеводы русские поставили в Литовской земле новый городок на озере Себеже и построили в нем три церкви, великий князь поручил Макарию дать имя этому городку и освятить церкви. Владыка исполнил волю государеву и назвал город Ивангородом.