Тогда царь дал Собору другое свое писание. В нем Иоанн напоминал святителям, как в семнадцатое лето своего возраста (в 1547 г.) он по их соборному благословению возревновал о "великом и неистощимом богатстве, с давних лет сокрытом и преданном забвению", именно о святых чудотворцах русских, заступниках родной земли; как в девятнадцатое лето его возраста (в 1549 г.) на новом Соборе установлены празднества в честь этих чудотворцев, молитвами которых он, Иоанн, начал править свое царство, и как в двадцать первое лето от своего рождения (в 1551 г.) он созвал еще Собор, только что начавшийся, а за год пред тем благословился у святителей исправить Судебник. "И по благословению вашему, - продолжал царь, - я исправил Судебник, и написал уставные грамоты - вот он пред вами вместе с грамотами. Прочтите и рассудите и, если дело это достойно, подпишите Судебник и грамоты. Рассудите и утвердите по правилам святых апостолов и святых отцов и по прежним законам прародителей наших, чтобы всякие обычаи строились по Богу в нашем царстве при вашем святительстве, а при нашей державе. А которые обычаи в прежние времена, после отца моего, великого князя Василия Ивановича, и до настоящего времени поисшатались или по своеволию законы которые порушены или по небрежению ослаблены, о всем о том вы посоветуйтесь между собою довольно и возвестите нам. Мы вашего святительского совета и дела требуем и советоваться с вами желаем, а об наших нуждах и земских нестроениях вам возвещаем. И вы, рассудя по правилам святых апостолов и святых отцов, утверждайте общим вашим согласием. Я же вам, отцам своим, с братиею и своими боярами челом бью" (гл. 4). Очень вероятно, что после такого обращения царя к членам Собора они прежде всего занялись рассмотрением и утверждением Судебника и уставных грамот, представленных царем, хотя соборная книга о том умалчивает.
Переходя к церковным делам, для которых преимущественно и созван был Собор, царь дал Собору на бумаге 37 вопросов для обсуждения и в первом из них говорил: "Отец мой Макарий, митрополит всей России, и все архиепископы и епископы! Воззрите на свои паствы, врученные вам от Бога, и помыслите о святых Божиих церквах, и о честных иконах, и о всяком церковном строении, чтобы по святым церквам звонили и пели по Божественному уставу и по священным правилам. Ибо ныне мы видим и слышим, что многие церковные чины совершаются не сполна, не по священным правилам и не по уставу. И вы бы, о всех тех церковных чинах рассудив, указ чинили, а равно и о всяком священническом, и иноческом, и церковном причте, и уставили бы поповских старост над всеми священниками и прочие чины по правилам. Ибо вам поручено пасти Церковь Божию, и установлять церковных чиновников, и поучать, да и мы от них спасение получим…" и пр. В последующих вопросах указаны были более частные предметы, на которые царь хотел обратить внимание Собора (гл. 5). Отцы Собора обсудили все эти царские вопросы и сделали по ним свои определения (гл. 6-40). Царь предложил еще 32 вопроса, на которые также Собор дал свои ответы (гл. 41), и вслед за тем изложил и много других своих постановлений: частию на первые вопросы царские, частию на вторые, а части о предметах, прямо не указанных в вопросах царя (гл. 42-97). Наконец, по совету царя, митрополита и прочих святителей "царское предисловие", т. е. все речи царя пред началом Собора, царские вопросы и соборные на них ответы были "преданы писанию" и отправлены в Троицкий Сергиев монастырь к бывшим: митрополиту Иоасафу, архиепископу Ростовскому Алексию, архимандриту чудовскому Вассиану, игумену троицкому Ионе, проживавшим в том монастыре, равно как и ко всем соборным старцам. Это была первая редакция книги Стоглав, в которой, вероятно, еще не было разделения на главы и, без сомнения, недоставало двух нынешних последних глав, судя по их содержанию. Иоасаф вместе с прочими названными лицами, выслушав "царское и святительское уложение", изъявил свое согласие на "соборное уложение" и послал свой ответ (гл. 99). Но в ответе счел нужным сделать свои замечания против некоторых постановлений Собора и при этом не ссылался на главы соборной книги, что было бы весьма удобно, если бы главы в ней существовали, а указывал на предметы постановлений без всякого порядка (гл. 100). Собор по прочтении ответа митрополита Иоасафа признал большую часть его замечаний справедливыми и по ним изменил и дополнил некоторые свои постановления. В это-то уже время книга Стоглав могла получить окончательную свою редакцию на Соборе: с постановлениями, уже измененными по замечаниям митрополита Иоасафа, и с разделением на главы, из которых 99-ю составляет сказание о посылке соборной книги на рассмотрение Иоасафа, а 100-ю - его ответ Собору. Была ли тогда книга Стоглав подписана всеми, присутствовавшими на Соборе, - неизвестно, но она могла остаться и неподписанною, потому что заключала в себе не одни постановления Собора, а и деяния его, вовсе не требовавшие подписей.