Первым ратоборцем против жидовствующих выступил архиепископ Геннадий, возведенный на Новгородскую кафедру 12 декабря 1484 г. Как ни скрывали себя еретики, но однажды в пьяном виде некоторые из них начали упрекать друг друга. Услышав об этом, Геннадий немедленно дал знать митрополиту и великому князю и, получив приказ не допускать распространения ереси, начал делать обыск. Во время обыска один из виновных, поп Наум, открыл архиепископу все и всех и принес к нему даже псалмы, по которым правили еретики свою жидовскую службу. Геннадий велел брать их и отдавать на поруки до окончания следствия. А как четверо из отданных на поруки бежали в Москву, то он отправил туда к князю и митрополиту все обыскное дело в подлиннике вместе с списком открытых уже еретиков и их псалмами. Это было в августе или сентябре 1487 г. Не получая, однако ж, ответа ни от князя, ни от митрополита, Геннадий к концу того же года обратился с просьбою о содействии к Сарскому епископу Прохору, жившему в Москве на Крутицах, и уведомлял его, что в Новгороде открылись еретики, которые мудрствуют по-жидовски, держат ереси маркианскую и мессалианскую и всячески скрываются, называя себя православными христианами, что обыскное дело об них отослано к князю и митрополиту и что открытию их способствовал поп Наум и пр. А в генваре следующего (1488) года, когда в Москву прибыли епископы Суздальский Нифонт и Пермский Филофей, Геннадий поспешил написать и к ним и, упомянув о своих грамотах и подлиннике, посланных к князю и митрополиту, и о своем письме епископу Прохору, просил обоих этих святителей ходатайствовать пред великим князем и митрополитом, чтобы позаботились "тому делу исправление учинити, занеже ныне, как продлилось то дело, обыск ему некрепок чинится... еретикам ослаба пришла, уже наругаются христианству", и затем изложил, в чем состояли самые ругательства. Дело действительно приняло быстрый ход: оно рассмотрено на Соборе, трое из еретиков найдены виновными, и великий князь "по правилам царским" подверг их торговой казни, а четвертого признали недостаточно обличенным, так как против него было только одно свидетельство попа Наума. В феврале того же (1488) года князь и митрополит уже извещали об этом Геннадия и поручали ему, чтобы он продолжал обыск о еретиках с великим прилежанием и тех, которые покаются, отдавал "по царским правилам" для торговой казни двум боярам, Якову и Юрию Захарьевичам, назначенным от великого князя для участия в обыске. Заметим, что в это время великий князь Иван Васильевич отнюдь не опасался казнить еретиков жидовствующих "по царским правилам", помещенным в действовавшей тогда у нас славянской Кормчей. При производстве обыска над жидовствующими оказалось, что вероотступничество распространилось не только в Новгороде, но и по селам, и все через попов, которые, напившись и наевшись, без страха совершали литургию. Некоторые отступники нарочно ставились в попы, чтобы удобнее совращать своих духовных детей. Если замечали кого-либо твердыми в вере и православии, то таились пред ним и старались казаться православными. А встречая людей простых, слабых и преданных тяжким грехам, увлекали таких в свою прелесть и отпускали им все грехи. Когда же кто из православных начинал обличать их самих в ереси, они отрекались от нее с клятвою, величали себя православными и даже проклинали еретиков, считая и клятву и проклятие за ничто. Потому-то крайне трудно было производить над ними обыск, но при содействии назначенных великим князем бояр Геннадий удачно окончил дело: всех покаявшихся еретиков осудил на церковную епитимию, а непокаявшихся и продолжавших хвалить жидовскую веру передал боярам для торговой казни и все подлинное дело отослал к митрополиту и великому князю, известив о том же архиепископов и епископов. Но в Москве не обратили теперь на донесение Геннадия никакого внимания и "положили то дело ни за что", как сам он вскоре писал к Ростовскому архиепископу Иоасафу (25 февраля 1489 г.). "Митрополит Геронтий, - говорил по этому случаю преподобный Иосиф, - сам мудрствовал по-христиански, но о других, погибавших от еретического учения, нимало не позаботился, по своей ли грубости, или по нерадению, или из боязни пред Державным".