Три церковных песнопения написаны Пахомием в честь издревле чтимых всею православною Церковию, именно: а) канон Пресвятой Деве Богородице, доселе помещаемый в службе на 25-й день сентября преподобному Сергию чудотворцу, б) канон святому Иоанну Крестителю и в) служба преподобному Онуфрию Великому. Два последние песнопения составлены (в 1460-1461 гг.) по просьбе Новгородского архиепископа Ионы: он желал этим выразить особенное свое уважение к святому Иоанну Крестителю как своему ангелу, по имени которого был назван при крещении и которому создал храм в своей любимой Отенской обители, где пострижен и был игуменом, и к Великому Онуфрию, которому также посвящен был храм в названной обители.
Пять церковных песнопений написал Пахомий в честь русских святых, прославленных еще до настоящего периода: а) канон равноапостольной великой княгине Ольге, которой прежде существовали, вероятно, только несколько стихир; б) канон святым Борису и Глебу; в) службу преподобному Антонию Печерскому с двумя канонами; г) службу святым мученикам Черниговским князю Михаилу и боярину его Феодору с двумя канонами и д) службу преподобному Сергию Радонежскому, в которой между прочим помещен и упомянутый нами выше канон Пахомиев Пресвятой Богородице. Канон святой Ольге написан в Новгороде (1460-1461) по просьбе или поручению архиепископа Ионы, а служба преподобному Сергию, сохранившаяся в списке 1459 г., явилась, всего вероятнее, в Троицко-Сергиевом монастыре, где до того времени постоянно проживал автор в числе братства.
Четыре, если даже не пять, песнопений составил Пахомий в честь тех святых русских, которые прославлены в его время, или на те праздники, которые тогда установлены. Сюда относятся: а) служба на преставление святителя Московского Алексия (12 февраля), написанная по благословению митрополита Ионы и Собора (1448) и по воле великого князя Василия Васильевича, б) канон преподобному Варлааму Хутынскому, написанный (1460) по поручению Новгородского владыки Ионы; в) служба преподобному Кириллу Белозерскому, написанная, вероятно, одновременно с житием преподобного (около 1462 г.) по поручению великого князя Василия Васильевича и митрополита Феодосия; г) служба с двумя канонами на перенесение мощей святителя Московского Петра, написанная в 1472 г. по повелению великого князя Иоанна III и по благословению митрополита Филиппа, тогда же установивших и праздник в память этого события; д) наконец, служба преподобному Димитрию Прилуцкому. Последняя, впрочем, нигде не надписывается именем Пахомия и может быть усвояема ему только гадательно: в ней тот же слог, те же любимые выражения, что и в прочих службах Пахомиевых, и встречаются целые стихиры, буквально взятые из служб Пахомия преподобному Сергию и святому митрополиту Ионе. С достоверностию же о ней можно сказать лишь то, что она написана не прежде Пахомия и в XV в., так как сохранилась в списке этого века, но могла быть написана и не самим Пахомием, а кем-либо другим по подражанию Пахомию, например, тем же игуменом Макарием, который составил тогда житие преподобного Димитрия Прилуцкого.
Наконец, не менее шести церковных песнопений сложил Пахомий в честь святых русских, которые в его время чтились только местно или даже еще не чтились, а прославлены уже Соборами 1547-1548 гг., и на один местный праздник, сделавшийся общим только в 1584 г. Так, вероятно, еще в Сергиевом монастыре вслед за службою преподобному Сергию Пахомий написал и службу ученику его, преподобному Никону. По поручению Новгородского владыки написал (1560-1561) каноны митрополиту Московскому Ионе (? 1461), Новгородскому архиепископу Евфимию (? 1458) и преподобному Савве Вышерскому (? 1461) вскоре после их кончины, когда едва ли успело установиться и местное им празднование. Может быть, по поручению того же Новгородского владыки или по просьбе других новгородцев написал Пахомий два канона, помещаемые в службе на праздник Знамения Новгородской иконы Богородицы. По поручению же Пермского епископа Филофея (1472-1501) написан канон просветителю зырян святому Стефану Пермскому.