Таким образом, для надзора за белым духовенством и для управления им у нас установился целый ряд духовных властей, находившихся в распоряжении епархиальных архиереев. Что же касается монашествующего духовенства и монастырей, то в управлении ими архиереи действовали исключительно чрез подчиненных им настоятелей и настоятельниц монастырей - архимандритов, игуменов, строителей и игумений. Руководством при управлении монастырями, мужескими и женскими, общежительными и особными, служили уставы, в них существовавшие, а равно и те правила, которые по поводу беспорядков и нестроений, оказавшихся в иноческом мире, даны были нашими Соборами, и преимущественно Стоглавым. Уставы эти и правила нами уже рассмотрены в другом месте (7. 61 - 83, 90 - 103).
Была еще мера, к которой обращались иногда наши архиереи в управлении своими епархиями, - это созывание Соборов из местного духовенства. Так, Ростовский архиепископ Феодосий в 1458 г., путешествуя по епархии, созвал в Белозерск на Собор всех игуменов, священников и диаконов Белозерского края. Судя по грамоте, которою они созывались, можно догадываться, что архипастырь имел целию преподать наставления и сделать распоряжения к искоренению недостатков, замеченных в этом духовенстве. В Казани при архиепископе Германе был Собор местного духовенства в 1565 г. для рассуждений и совещаний о том, как отправлять службу на праздник Благовещения Пресвятой Богородицы, случившийся в неделю крестопоклонную. Были Соборы и в других епархиях.
С особенною подробностию Стоглавый Собор изложил статьи "о святительском суде" (гл. 53 - 69). И надобно сознаться, что хотя мы знали еще из уставов святого Владимира и Ярослава, а затем и из грамот последующих князей, какие лица и предметы подлежали у нас ведомству церковного суда, хотя не раз видели в продолжение веков, что наши архиереи действительно пользовались своею судебною властию и отстаивали неприкосновенность своего судебного ведомства, но доселе мы не имели возможности составить себе понятия ни об устройстве наших епархиальных судов, ни о судопроизводстве в них. В статьях Стоглава о святительском суде в первый раз находим эту возможность, правда не совсем удовлетворительную, потому что статьи не отличаются определенностию и точностию выражений. В каждой епархии у нас существовали один суд по делам духовным или почти исключительно духовным и несколько судов по делам не духовным, светским.
Суд по делам духовным находился при кафедре епархиального архиерея и состоял из лиц только духовных. Здесь судил сам архиерей "соборне" с архимандритами, игуменами и вообще избранными священнослужителями или судил тот, кому он "повелевал судить", т. е. его наместник. В Москве таким наместником митрополита, по крайней мере со времени Стоглавого Собора, всегда был епископ Сарский и Подонский, может быть, потому, что он постоянно жил в Москве и имел у себя небольшую епархию; у прочих архиереев должность наместников исполняли, вероятно, архимандриты или другие подобные лица духовного сана. А бояре митрополита и вообще святителей в духовном суде не заседали, кроме писарей, которые записывали дела. Суду этому подлежали: а) все миряне епархии по делам духовным, т. е. по преступлениям против веры и Церкви, каковы ересь, раскол, отправление языческих обрядов и подобные; б) все лица духовенства, белого и монашествующего, и причислявшиеся к ним - просвирня и другие также по делам духовным - по преступлениям против веры и Церкви, а лица собственно духовные и по преступлениям против обязанностей своего духовного звания и служения; в) настоятели и настоятельницы монастырей: архимандриты, игумены, строители и игуменьи - не только по делам духовным, но и по всем "прочим" (Стоглав. Гл. 66 - 68). Таким образом, эти лица, конечно по вниманию к их сану, вовсе были изъяты от подсудности другим судам епархиальным.