Орден иезуитов, всецело посвятивший себя на служение папству и Римской Церкви против всех ересей, особенно умножившихся в XVI в., утвержден папою Павлом III в 1540 г. А чрез шестнадцать лет иезуиты проникли уже почти во все страны Западной Европы и имели в ней девять своих провинции с провинциалами во главе и, кроме того, три провинции вне Европы: в Бразилии, Ефиопии и Индии. В 1564 г. иезуиты водворились в Польше, именно в Вармии, куда приглашены были местным епископом - кардиналом Станиславом Гозием и где в самое короткое время успели показать себя с самой выгодной стороны в борьбе с протестантами. Этот-то Гозий, который родом был из Вильны, человек весьма умный и просвещенный, отличавшийся величайшею приверженностию к папству, бывший несколько времени председателем на Тридентийском Соборе и пользовавшийся высоким авторитетом во всем католическом мире, дал совет Виленскому бискупу Валериану Протасевичу вызвать в Вильну иезуитов для противодействия усилившимся в ней кальвинистам и другим сектантам. Протасевич с радостию последовал совету и, купив, как мы уже сказали, дом для помещения иезуитов, просил Гозия о присылке их в Вильну. Когда посланные Гозием иезуиты приблизились к Вильне - их было пять: два священника из Ольмюцкой иезуитской коллегии, Вальтазар Гостовин и Андрей Фризий, два при них помощника-лаика и в качестве вождя их вице-провинциал Франциск Суннерий - Протасевич, опасаясь, чтобы на них не сделали здесь нападения еретики, отправил навстречу прибывшим собственный экипаж и отряд вооруженных слуг, под охраною которых достойные ученики Лойолы и въехали в литовскую столицу. Это было в сентябре 1569 г., вскоре после того как окончился пресловутый люблинский сейм (10 января - 12 августа 1569 г.), на котором состоялось окончательное соединение Литвы с Польшею. Таким образом, в один и тот же год совершились два роковые события, имевшие гибельнейшие последствия для всего Западнорусского края и существовавшей в нем православной Церкви. На люблинском сейме утверждена так называемая политическая уния Литвы с Польшею, но то была собственно не уния, не соединение двух государств на равных правах, а подчинение и порабощение одного государства другому, Литовского Польскому, - порабощение, которое повело к постепенному ослаблению и подавлению русской народности и русского языка в Литовском государстве, бывших дотоле здесь господствующими, хотя при заключении Люблинской унии и было постановлено, что литовцы и русские наравне с поляками будут всегда пользоваться всеми своими правами, гражданскими и религиозными, и что для русских все грамоты и указы будут всегда писаться, всякое делопроизводство в судах будет всегда совершаться не иначе как на русском языке. А с прибытием иезуитов в Вильну вновь начались почти уже забытые попытки насадить в Литве так называемую церковную унию, которая наконец и водворилась здесь при содействии иезуитов, и повела к постепенному подавлению православия во всем Западнорусском крае, и сопровождалась непрерывным рядом притеснений и бедствий для православных, не соглашавшихся принять ее, а затем и для самих униатов.
Дом, в который ввел бискуп Валериан иезуитов, представлял удобное помещение для тридцати членов этого ордена и был совершенно приспособлен для устройства в нем иезуитского коллегиума. Кроме того, Валериан купил и подарил им еще два дома, находившиеся вблизи, с обширными плацами, назначил на содержание самого коллегиума по две тысячи коп литовских грошей из своих имений, а на содержание при коллегиуме гимназии определил несколько своих деревень с их доходами. Когда все уже было подготовлено для открытия обоих этих заведений, приехал в Вильну (в июле 1570 г.) по приказанию иезуитского генерала Франциска Боргия провинциал австрийских и польских иезуитов Лаврентий Магий. При нем находился Станислав Варшевицкий, сын варшавского кастеляна, получивший отличное образование в Виттембергском университете, не раз исполнявший должность секретаря при короле Сигизмунде Августе и его посланника к разным европейским дворам, а с 1567 г. самый ревностный иезуит, славный своею ученостию и красноречием. Открытие иезуитского коллегиума и гимназии Магий совершил с особенною торжественностию, в присутствии бискупа Валериана, его капитула и многочисленного духовенства, причем как сами иезуиты, так и их ученики говорили речи и стихи на языках латинском, греческом и еврейском. Число братьев иезуитов в новооткрытом коллегиуме простиралось уже до 26. Отъезжая из Вильны, Магий назначил ректором этого коллегиума и гимназии Станислава Варшевицкого.