Митрополиту Онисифору еще в 1579 г. король пожаловал виленский Троицкий монастырь в пожизненное владение. Митрополит для непосредственного заведования монастырем назначил от себя игумена Сильвестра, которому при королевском дворянине и передали все монастырское имущество виленские бурмистры, радцы, лавники и мещане православной веры. Эти лица издавна пользовались правом, по укоренившемуся обычаю, ежегодно поверять и переписывать имущества всех виленских церквей и Троицкого монастыря. Но игумен Сильвестр не стал допускать их к такой поверке в своем монастыре. Бурмистры и радцы не раз жаловались митрополиту; митрополит не хотел уважить их жалобы и просьбы. Тогда они, замечая в монастыре "шкоды немалые" и опасаясь, чтобы не произошло еще больших шкод, обратились с своими жалобами к самому королю, и король приказал (7 июля 1582 г.) митрополиту допускать виленских бурмистров и радцев к ежегодной поверке имущества в Троицком монастыре. Через два года те же православные бурмистры и радцы доносили королю, что Троицкий монастырь, "для нечастаго быванья до Вильны и отлеглости митрополитовы", пришел в великое обнищание, здания в нем исказились и по другим делам нет никакого порядка, и потому просили, чтобы король, хотя по смерти митрополита, отдал им тот монастырь в заведование. И король своею грамотою (27 мая 1584 г.) предоставил виленским бурмистрам и радцам Троицкий монастырь, с тем чтобы они приняли его в свою власть и подаванье уже по смерти митрополита Онисифора и, собирая всякие доходы и пожитки с того монастыря, с его дворцов, людей и земельных владений, употребляли эти доходы, как сами выразили желание в своей просьбе, на церковные потребности монастыря, на поправку монастырских зданий, на содержание архимандрита, попов, чернецов и убогих черниц (о существовании женского монастыря в Вильне при мужеском Троицком не упоминалось уже более полстолетия), а также на построение школ и на содержание людей, в грамоте умелых, для обучения детей греческого закона (вот когда еще православные жители Вильны помышляли о заведении у себя школ, между тем как митрополиту и на мысль не приходило употребить на это доходы с своего Троицкого монастыря!). В следующем году митрополит принес жалобу королю, что некоторые власти, особенно урядники и наместники в городах и селах господарских, вступались в духовные справы, принадлежащие ему, митрополиту, и его духовенству, и разводили жен от мужей, получая себе от того прибыток, к ущербу епархиального архиерея. И король издал окружную грамоту (25 февраля 1585 г.), чтобы никто из обитателей великого княжества Литовского, ни светские, ни духовные лица как римского, так и греческого закона, по силе дарованных митрополиту привилегий, не вмешивались в принадлежащие ему и его духовенству церковные доходы и во все духовные справы и суды и не расторгали браков, к нарушению его прав.