Ровно через год, на возвратном своем пути из Москвы, патриарх Иеремия испросил себе 7 июля у польского короля Сигизмунда III дозволение обозреть находящуюся в его владениях православную митрополию и совершать в ней духовною властию все, что окажется нужным. Через восемь дней, когда Иеремия уже прибыл в Вильну, король написал универсал ко всем властям и жителям королевства, чтобы никто не препятствовал патриарху совершать свое дело и судить, рядить и чинить расправу над всеми духовными лицами греческого закона, от самых высших до низших. А 21 июля патриарх уже издал окружную грамоту ко всем литовским епископам, в которой говорил: "Мы слышали от многих благоверных князей, панов и всего христианства и сами своими очами видели, что у вас двоеженцы и троеженцы литургисают…" - и повелевал низложить всех таких священников, епископу же Пинскому Леонтию угрожал отлучением за то, что он утаил таких священников, бывших в его епархии. В этой грамоте Иеремия ни слова не сказал о самом митрополите Онисифоре, но как и он оказался двоеженцем, то патриарх теперь же низложил и его своим патриаршим декретом, под которым подписались и Западнорусские владыки. Надобно заметить, что к приезду Иеремии в Вильну здесь собраны были митрополит, епископы, архимандриты, игумены, протоиереи и священники, т. е. целый Собор; что недостатки литовского духовенства патриарх мог видеть и слышать об них еще в то время, когда путешествовал через Литву в Москву; что необходимые для патриарха сведения могли быть уже подготовлены по его предварительному распоряжению и что потому-то он и в состоянии был так скоро, в присутствии Собора или вместе с Собором, издать постановление о низложении священников двоеженцев и троеженцев и составить декрет о низложении митрополита, подписанный самими литовскими епископами, хотя потом и говорилось, даже в официальных бумагах, будто Онисифор оставил митрополию "по своей доброй воле в облегчение своей старости и болезни". Таковы были первые действия патриарха Иеремии в Литве на возвратном пути его из России.
IV
Непрерывная борьба, которую уже около тридцати трех лет выдерживала православная Церковь в Западнорусском крае, против протестантства и иезуитизма была для нее крайне тяжела и гибельна по своим последствиям. В этой борьбе нападающими являлись всегда враги Западнорусской Церкви, а она представляла собою сторону более страдательную, чем деятельную. И борьба лишила ее многих, весьма многих сынов, потеря которых тем была для нее чувствительнее, что они принадлежали преимущественно к более образованному классу. Но, что еще важнее, эта борьба обнаружила во всем свете, пред взорами самих последователей Западнорусской Церкви ее жалкое состояние, ее внутреннее расстройство и бессилие и породила в них желание искать какого-либо выхода из такого состояния, какой-либо перемены к лучшему.