Несмотря, однако ж, на такое отношение к Гедеону, митрополит, еще находясь в Галиции, поручил ему обозреть соседнюю Перемышльскую епархию, в которой скончался тогда епископ Арсений Брылинский. Гедеон нашел эту епархию в крайнем расстройстве. Священники не покорялись своему епископу, не ездили к нему на Соборы, не брали у него святого мира для таинства, совершали всякого рода беззаконные браки и венчали мужчин на похищенных ими девицах, беззаконно расторгали браки, а, что всего хуже, сами по смерти своих жен держали у себя наложниц и некоторые, будучи второженцами, священствовали. Вследствие чего и в народе господствовала полная распущенность: иные мало знали о Боге, не умели ни веровать, ни молиться и больше обращались к волхвам и чародеям, нежели к Богу. Гедеон издал грамоту (12 марта), в которой, изложив все эти недостатки, замеченные им в Перемышльской епархии, убеждал духовенство исправиться, угрожал ему неблагословением и клятвою от митрополита, которому обязан был донесть обо всем, а тех священников, которые не перестанут жить беззаконно и бесстыдно, поручал наместнику Перемышльского владыки отлучать от всякого священнослужения и в конце грамоты присовокупил: "Что же касается до листов, напечатанных и разосланных из Львова, чтобы на Воскресение Христово брашен в церковь не приносить и не освящать, то пусть те листы не соблазняют вас и всех православных людей, хотя и подписаны епископами, но пусть будут, по стародавнему христианскому обычаю, приносы в церковь и освящение брашен на Воскресение Христово, с несомненною верою и доброю совестию; лишь бы только не волхвовали над теми освященными брашнами и не творили чар, а, уделивши часть освященного брашна нищим, все остальное разом потребляли". Таким образом, исполняя одно распоряжение митрополита, Гедеон в то же время открыто шел против другого его распоряжения и не только не хотел сам, но и учил других, и притом в чужой епархии, не покоряться определению Собора и патриарха.
По смерти Арсения Брылинского, епископа Перемышльского, местные власти желали видеть на своей архиерейской кафедре его племянника, человека еще молодого и женатого, и, может быть встретив или опасаясь встретить несогласие на то со стороны митрополита, обратились с просьбою к самому патриарху. И патриарх Иеремия писал Рагозе: "Архонты Перемышля своим прошением убеждают нас дать твоей святыне позволение, чтобы ты рукоположил племянника покойного Перемышльского владыки, но как он воин, и молод, и имеет жену, и потому оказывается недостойным архиерейского сана, то да не дерзнешь хиротонисать его во епископа под опасением запрещения и отлучения, неразрешимого и вечного. Да и никого другого, подобного ему, не рукополагай… Повелеваю твоему преосвященству поступать как должно и отнюдь не посвящать в архиерейство нерассудно мирских сановников или других имеющих жен, но посвящать иеромонахов, игуменов, архимандритов - да будет так, а не иначе". Ни имени, ни фамилии лица, о котором ходатайствовали пред патриархом из Перемышля, мы не знаем, но знаем, что на место Арсения Брылинского во епископа Перемышльского был поставлен (прежде 30 августа) Михаил Копыстенский, тоже человек женатый; не он ли и был племянником Арсения? Во всяком случае, значит, митрополит не исполнил приказания патриарха. И выходит: епископы не слушались митрополита, а митрополит не слушался патриарха, и всякие угрозы запрещением, низложением, отлучением от Церкви потеряли силу.