Книжка читана была на Соборе, и по выслушании ее Собор определил (27 генваря): Стефана Зизания как еретика отлучить от Церкви; единомысленным с ним двум братским священникам, Василию и Герасиму, запретить священнослужение, а светских людей, единомысленных с Зизанием, предать анафеме. Странным представляется, что под этим декретом рядом с митрополитом и Полоцким архиепископом Германом (бывшим Григорием Загорским) подписался и Гедеон Балабан, хотя впоследствии он же и оправдал Зизания. Как только узнали об этом декрете Зизаний и два братские священника, они тотчас прислали в Новогродок свою протестацию чрез братского диакона Алексея Блашковича, который именем всего Троицкого братства просил записать ее в гродские книги. Протестовавшие говорили: а) тот Собор не был составлен по правилам святых отцов, потому что многие духовные люди и мы сами о нем не знали, и из виленского духовенства на нем никто не был; б) нам не присылали ни одного позва явиться на Собор и судили нас заочно, а правила святых отцов не дозволяют никого судить и предавать клятве заочно, прежде нежели будут сделаны три позва; в) на том Соборе не было судии, который бы мог рассудить нас с отцом митрополитом и постановить декрет, ибо мы первые позвали митрополита на суд за его измену православной Церкви, о чем и вносили много раз в духовные и светские книги, и он, как прежде позванный нами на суд и наш соперник, не может быть нам судиею по девятому правилу Четвертого Вселенского Собора. А в Сына Божия Единородного мы веруем и учим других веровать так, как содержит и учит святая кафолическая православная Церковь. Но справедливость требует сознаться, что Стефан Зизаний, как ни ревновал о православии против унии и латинства, действительно не чужд был того заблуждения, за которое его соборне осудили. Незадолго пред тем он издал на польском языке небольшую книжку Катехизис, или краткое объяснение Никейского Символа, направленное против латинян. Эта книжка не дошла до нас, но, по свидетельству современного латинского писателя Желиборского, тогда же издавшего на нее опровержение, в ней находились следующие слова: "Проклинаем еретиков, которые умаляют честь Сына Божия, называя Его Ходатаем пред Богом Отцом; мы веруем, что Христос восседает одесную Бога Отца и имеет одинаковую с Ним честь и славу, а не меньшие, а потому Он и не Ходатай, ибо кто ходатайствует пред кем за других, тот не может восседать рядом с тем, пред кем ходатайствует, и не имеет равного с ним могущества". Нельзя, конечно, оправдывать Зизания за это заблуждение, но не следует строго и осуждать. Русские в Литве, дотоле жившие в простоте веры, только что начинали знакомиться с школою, с науками, и в частности с наукою богословскою. Изучить ее сами во всех подробностях, на основании источников православного учения еще не успели. Обстоятельного руководства для богословствования, т. е. православного Катехизиса, еще не имели. И потому неудивительно, если по некоторым вопросам в жару полемики против латинян иногда увлекались ложными протестантскими мнениями, не сознавая, что они не согласны с православием. Отвергая, например, латинское чистилище, тот же Зизаний как в своем упомянутом Катехизисе, так и в другом своем сочинении: "Казанье св. Кирилла Иерусалимскаго об антихристе" отвергал частный суд и воздаяние после него грешникам во аде и праведникам на небе, а за Зизанием отвергали и другие православные богословы, Леонтий Карпович, Андрей Мужиловский. Такое колебание молодой богословствовавшей мысли между православными было неизбежно, пока не явилось для нее довольно подробное руководство от лица Церкви: "Православное исповедание" митрополита Петра Могилы.