Едва прошло несколько месяцев со времени утверждения Иосифа на митрополитской кафедре, как он созвал Собор в Вильне "о церковных вещех и о исправлении дел духовных", который и состоялся в самый праздник Рождества Христова, 25 декабря 1509 г. Причины, вызвавшие созвание Собора, объяснил сам митрополит в начале "соборного деяния" воспользовавшись при этом словами митрополита Кирилла II, сказанными на Владимирском Соборе 1274 г. "С того дня, - говорит Иосиф, - как изволением Божиим я, недостойный, занял престол митрополии Киевской и всея Руси и принял обязанность пасти Церковь Божию, отсекать всякое преступление закона нашей православной веры и утверждать, по древнему обычаю, церковные уставы, я видел много нестроения и бесчиния в духовенстве и много о том слышал… Все это мы должны исправлять и очищать по правилам святым, о всем должны скорбеть и болеть. Ибо какой прибыток получили мы чрез умножение наших грехов? Не рассеял ли нас Бог по лицу всей земли? Нс разведены ли сыны и дщери наши во многие страны поморские, плененные от поганых? Не взяты ли были грады наши; не пали ли сильные князья наши от острия меча; не запустели ли св. Божии церкви; не томимся ли всякий день от безбожных поганых агарян? Все это бывает нам за то, что мы ходим не по правилам св. апостолов и не по заповедям св. отцов наших. Посему мы, Иосиф, милостию Божиею архиепископ, митрополит Киевский и всея Руси, и составили Собор с преподобными епископами, пречестными архимандритами и игуменами и богобоязненными священниками…" Епископов присутствовало на Соборе семь (а с митрополитом восемь), именно: Владимирский и Берестейский Вассиан, Смоленский Варсонофий, Луцкий и Острожский Кирилл, Полоцкий и Витебский Евфимий, Туровский и Пинский Арсений, Перемышльский Антоний и Холмский Филарет. Архимандритов (хотя в числе их упомянут один и игумен) также семь: Киево-Печерской великой лавры Иона, Благовещенской патриаршеской обители (так называли Супрасльский монастырь) игумен Пафнутий, троицкий виленский Изосима, лаврашевский Арсений, троицкий слуцкий Иосиф, вознесенский минский Сергий, Михайловский городецкий из Полоцка Антоний. Игуменов - шесть: троицкий (неизвестно откуда) Симон, свято-духовский из Смоленска Афанасий, иоанновский островский из Полоцка Евфимий, петровский из Полоцка Алексий, николаевский из Гольшан Иона и николаевский из Лоска Геронтий. Протопопов семь: виленский Матфей, новгородский Иаков, городенский Антипа, слуцкий Феодор, марковский Лукиан, слонимский Косьма и волковыйский Феодор. Кроме того, на Соборе находились и священники. Деяние Виленского Собора представляет нам верную картину тогдашних недостатков и злоупотреблений, существовавших в Западнорусской митрополии, так как одни из них ясно выражены Собором, а другие указаны самими определениями Собора. Всех определений, или правил, Собор постановил 15, которые, впрочем, могут быть разделены на три класса.
Первые четыре правила касаются поставления на священные степени. "Некоторые в нашем законе, - говорит Собор, - презирая отеческое предание и заповеди, ради мирской славы и властительства покупают себе еще при жизни епископов их кафедры и принимают эти кафедры без совета и согласия митрополии и епископов и без избрания от князей и панов нашего греческого закона". Так же приобретались и настоятельские места в монастырях, и священнические на приходах. А дьяки или причетники без воли своего епархиального владыки отправлялись в другие епархии и получали священство от чужих архиереев. Против этих нестроений Собор постановил: 1) "никому не подкупаться под живыми епископами, архимандритами и священниками". Если же кто дерзнет на такое дело, архимандрит ли, или игумен, или священник, или мирянин, то да будет на них церковное неблагословение и отлучение, пока не покаются, и на епископство, и на всякий священнический сан их отнюдь не поставлять. А если кто из епископов дерзнет такого бесчинника совершить во священство, тот сам да будет лишен своего сана. 2) Архиепископу и епископам отнюдь не поставлять на священство дьяков из чужих епархий без повеленной грамоты от их епископа и без отпустных листов, которые должны быть писаны особо, по древнему обычаю. 3) Во епископы и во всякий степень священства ставить только достойных, после обыска и по свидетельству и поручительству их духовного отца, а недостойных отнюдь не ставить, если и господарь (т. е. великий князь литовский) присылать будет: в таком случае "всем нам с митрополитом пойти к господарю и объявить недостоинство того недостойного". 4) Если же какой-либо епископ или священник, утаив свою виновную совесть от своего духовного отца, восприимет святительство или священство, но потом будет обличен, такого отлучить от Божественной службы.