Главным руководством для церковного управления и суда в Литовской митрополии служила Кормчая книга, та самая, которая употреблялась и в митрополии Московской. Кроме двух известных списков этой книги Румянцевского музеума, писанных в Юго-Западной России, из которых один (№ 232), начала XVI в., Рязанской, или Кирилловской, фамилии, а другой (№ 233), XVI в., Софийской фамилии, уцелел еще список XVI в. в библиотеке Литовской семинарии (№ 12, 13), представляющий точную копию с Рязанского списка и заключающий в себе не 45 лишь глав, как румянцевский список № 232, а все 64 главы. Списки Кормчей были распространены не только по монастырям, иногда и не в одном экземпляре, но и в белом духовенстве и даже между мирянами: в библиотеке Супрасльского монастыря находилось три экземпляра Кормчей; один из священников Юрьевской церкви в Вильне, отец Матвей, завещал (1522) свою книгу "Правила св. отец" в соборную Пречистенскую церковь, а Виленский Собор 1509 г., указывая на то, что мирские люди, имея у себя "Божественныя правила", не хотели слушаться своих пастырей (правило 13), запретил мирянам держать у себя эти правила. После Кормчей служили также руководством: а) так называемый Свиток Ярославов, подтвержденный и королем Сигизмундом I в 1503 и 1511 гг., с некоторыми дополнениями; б) местные церковные обычаи, которыми пользовались иногда в своих решениях и митрополит и сам король; в) постановления Виленского Собора 1509 г., которые, впрочем, едва ли не оставались большею частию лишь мертвою буквою, если припомним, как часто и как резко нарушались они в последующее время; г) многочисленные узаконения и грамоты королей, касавшиеся православных архиереев, церквей, монастырей, их прав и привилегий, имевшие обязательную силу для всех; д) литовский Статут, изданный Сигизмундом в 1529 г. Статут не заключал в себе никаких церковных узаконений, а содержал только законы уголовные и гражданские, обязательные для всех подданных короля, и, кроме того, излагал самые формы судопроизводства. Потому церковные власти руководствовались Статутом, с одной стороны, в самом порядке и формах судопроизводства, а с другой - во всех тех случаях, когда судили духовные лица за преступления уголовные и гражданские и когда судили в своих церковных имениях крестьян, суд над которыми по литовским законам вообще принадлежал владельцам. Церковному управлению и суду подлежали прежде всего лица духовного звания. В Свитке Ярославовом ясно было сказано: "Все епископы княжения нашего да повинуются преосвященному митрополиту Киевскому во всем, под извержением от сана и отринутием от престол их… такожде митрополья и епископская власть цела и нерушима да пребудет над всеми пресвитеры, во пределах их сущими". Но на деле, как мы видели, это коренное церковное законоположение весьма часто нарушалось. По крайней мере, епископы во всех делах между собою и с митрополитом обращались прямо к королю, и митрополит только тогда судил епископов, когда это поручал ему сам король. Даже миряне жаловались на своих епархиальных владык не митрополиту, а прямо королю - до того извращены были существовавшею практикою понятия православных о церковной власти короля и так мало признавалась ими власть митрополита. Белое духовенство в епархиях несомненно подчинялось власти своих владык, административной и судебной, хотя и тут нередки были нарушения права то со стороны горожан, как в Вильне, то со стороны лиц, имевших приходские церкви в своем патронатстве. Но духовенство монашествующее подчинялось власти епархиальных архиереев только в тех монастырях, которые не состояли под патронатством каких-либо сторонних лиц; в монастырях же, имевших своими патронами или короля, или других светских особ, архиереям предоставлялось иногда судить лишь настоятелей по одним духовным делам, а вся остальная власть находилась в руках самих настоятелей и еще более в руках патронов. Церковному управлению и суду в епархиях подлежали и все миряне по делам духовным, и в особенности по делам брачным, по делам любодеяния и прелюбодеяния, как ясно указано в том же Ярославовом Свитке. Органами церковного управления и суда для епархиальных владык служили: а) так называвшийся крылос, состоявший из постоянных членов и временно приглашавшихся; б) наместники: духовного сана, избиравшиеся большею частию из местных прихожан, и светские, заведовавшие собственно церковными имениями и доходами архиереев; в) протопопы и десятники, исполнявшие свой долг по разным городам и округам епархий.