По званию патриаршего экзарха, епископ Гедеон распростирал свое архипастырское служение и за пределы своей епархии - на всех православных, которые находились в епархиях униатских митрополита и владык и не хотели им покоряться. А таких православных было еще тогда весьма и весьма много. Мы видели, что русские дворяне, присутствовавшие на Брестском Соборе, осудившем унию, вместе с земскими послами единогласно дали за себя и за своих потомков торжественный обет не подчиняться митрополиту и епископам, отступившим в унию, и не признавать их власти ни в коронных городах, ни в своих имениях, а неизменно оставаться в вере отцов и иметь только православных пастырей. И на первых порах дворяне, хотя, к сожалению, не все, исполняли этот обет. В их имениях, рассеянных по всему Западнорусскому краю, и под их защитою православные свободно исповедовали свою веру, а православные пастыри беспрепятственно продолжали священствовать, несмотря ни на какие запрещения от униатских владык, и во всех церковных нуждах обращались к патриаршему экзарху епископу Гедеону. И Гедеон удовлетворял этим нуждам: освящал церкви, выдавал антиминсы, ставил попов во все православные приходы, где бы они ни находились. С досадою смотрели на это униатские архиереи и придумывали, как бы обуздать Гедеона. Ипатий Потей, епископ Владимирский, писал к митрополиту Рагозе: "Гедеон Балабан, бывший владыка Львовский, не обращая никакого внимания на проклятие и низложение, которому он подвергся от нас на Брестском Соборе, отправляет все духовные справы и, мало того, вступается еще в чужие епархии и ставит попов, как недавно поставил и прислал попа в имение пана Александра Загоровского Хорев, лежащее в повете Владимирском". И вслед за тем Потей просил митрополита уведомить, нет ли соборного постановления о том, какому наказанию должен подлежать епископ, если он вступается в пределы другого епископа. Митрополит велел справиться в книгах и метриках митрополичьих и послал в ответ Потею (5 декабря 1598 г.) следующее правило, которое будто бы нашел между постановлениями Собора, бывшего в Вильне при митрополите Иосифе Солтане, в 1509 г.: "Аще который епископ от своея области во иную преступаючи, некия духовныя справы дерзнет отправовати: церкви святити, антиминсы давати, попов и дьяконов ставити и до иное области подавати, таковый повинен будет двесте рублей грошей широких на господаря, а на нас, архиепископа, сто рублей, а стороне противной другую сто рублей заплатити безо всякаго прекословия". К изумлению, такого правила вовсе нет в числе постановлений означенного Собора по всем известным спискам и по печатному изданию, которое восходит к началу XVII в. Следовательно, или у митрополита Рагозы находился список деяний Собора уже испорченный, или это правило нарочно выдумано самим ли Рагозою или его писарем-секретарем, чтобы только привлечь к суду ненавистного Гедеона. Потей после того, вероятно, пожаловался на Гедеона королю. По крайней мере король послал Гедеону грамоту (от 22 марта 1599 г.), в которой выражал следующие мысли: "До сведения нашего дошло, что ты, несмотря на сеймовое постановление, утвердившее решение Брестского Собора о твоем низложении, не перестаешь архиерействовать не только в твоей бывшей епархии, но и в чужих епархиях, отправляя духовные дела и поставляя священников, диаконов и прочее духовенство, а к тому ж производишь смуты, соблазны, волнения и вторгаешься в имения других владык. За такое нарушение постановления сейма мы могли бы приказать инстигатору преследовать тебя. Но, не желая этого ныне, мы хотим прежде только напомнить тебе, чтобы ты прекратил свои незаконные действия и жил скромно и спокойно, иначе мы поступим с тобою, как требует сама справедливость, и ты не вправе будешь сказать, что тебя не предостерегли". Такую же грамоту и в тот же день король послал и Перемышльскому епископу Михаилу Копыстенскому.