Сделав все, что считал нужным, для своего утверждения на царском престоле, Шуйский обратил внимание и на то, чтобы патриарший престол не оставался более праздным. Еще жив был в своем заточении патриарх Иов, но он лишился зрения и уже не мог править Церковию. Нужно было избрать нового патриарха, и выбор государя, естественно, пал на того из представленных ему Собором кандидатов, кто ревностнее всех воспротивился незаконному браку самозванца, требовал крещения его невесты и за то подвергся изгнанию - на Казанского митрополита Гермогена.