Такое единодушное восстание русских и движение к Москве сильно встревожило поляков и московских бояр, преданных Сигизмунду. Салтыков с своими сообщниками пришел к патриарху и сказал: "Ты писал по городам, велел идти к Москве, теперь напиши, чтоб не ходили". "Напишу, - отвечал патриарх, - чтоб возвратились, если ты и все находящиеся с тобою изменники и королевские люди выйдете вон из Москвы; если же не выйдете, то благословляю всех довести начатое дело до конца, ибо вижу попрание истинной веры от еретиков и от вас, изменников, и разорение св. Божиих церквей и не могу более слышать пения латинского в Москве". Изменники вышли от патриарха и приставили к нему воинскую стражу, чтобы к нему никто не мог приходить. В Вербное воскресенье (17 марта) они выпустили Гермогена из-под стражи, чтобы он совершил обычное торжественное шествие на осляти; по площадям стояли ляхи и немцы, пехота и всадники с обнаженными саблями и пушками, но из православных москвичей никто не шел за вербою: разнесся слух, что Салтыков и поляки хотят во время хода изрубить патриарха и безоружный народ. Во вторник на Страстной седмице действительно произошло столкновение королевских войск в Москве с жителями, началась страшная резня, продолжавшаяся сряду два дня, и поляки, не имея сил одолеть русских, зажгли Москву в разных местах и выжгли ее совершенно, кроме Кремля и Китая-города, где сами укрывались от огня. Несчастные жители бежали вон из города, а королевские люди и русские воры, с торжеством возвратившись в Кремль, свели Гермогена с патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре, а по другим - на Кирилловском подворье, под крепкую стражу. В понедельник на Святой неделе все русское ополчение из городов в числе 100000 человек подошло к Москве, 1 апреля приблизилось к стенам Белого города, и с того времени начались почти ежедневные сшибки русских с поляками, продолжавшиеся несколько месяцев. Осажденные поляки в Кремле и Китай-городе находились в крайности, и число их постоянно уменьшалось. Салтыков и Гонсевский не раз присылали к патриарху Гермогену и сами иногда приходили и говорили: "Вели ратным людям, стоящим под Москвою, идти прочь, а если не послушаешь нас, мы велим уморить тебя злою смертию". Гермоген отвечал: "Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, но, если останетесь здесь, я благословляю всех стоять против вас и помереть за православную веру". К несчастию, между воеводами русской рати начались великие несогласия, и лучший из них - Прокопий Ляпунов был убит казаками, а другой, атаман казаков Заруцкий, дерзкий и буйный, приняв под свое покровительство вдову обоих самозванцев Марину, вздумал искать себе сообщников, чтобы возвести на московский престол сына ее, еще младенца. Услышав об этом, Гермоген не утерпел и нашел возможность послать (в августе) из своего заключения грамоту в Нижний Новгород, в которой говорил: "Пишите в Казань к митрополиту Ефрему: пусть пошлет в полки к боярам и к казацкому войску учительную грамоту, чтобы они стояли крепко за веру и не принимали Маринкина сына на царство, - я не благословляю. Да и в Вологду пишите к властям о том, и к Рязанскому владыке: пусть пошлет в полки учительную грамоту к боярам, чтоб унимали грабеж, сохраняли братство и, как обещались положить души свои за дом Пречистой, и за чудотворцев, и за веру, так бы и совершили. Да и во все города пишите, что сына Маринки отнюдь не надо на царство, везде говорите моим именем". Это была, сколько известно, уже последняя грамота доблестного иерарха. Многие ополченцы по смерти Ляпунова оставили Москву и возвратились в свои дома, другие хотя и продолжали осаду, но не успели взять Кремля и освободить своего первосвятителя. Более девяти месяцев томился он в своем тяжком заключении и 17 генваря 1612 г. скончался насильственною смертию.