С 5 сентября боярин князь Алексей Никитич Трубецкой двинулся из Путивля с московскими войсками в черкасские города. Везде его встречали с торжеством, везде давали присягу на подданство московскому царю. К 27 сентября Трубецкой был уже в Переяславе, и туда явились к нему в первых числах октября от Юрия Хмельницкого и от всего войска запорожского прилуцкий полковник Петр Дорошенко и сотники из всех полков и представили четырнадцать статей, на которых они желали быть принятыми в подданство государем. В одной из этих статей говорилось, чтобы митрополиту Киевскому с епископами и со всем духовенством оставаться по-прежнему под властию и послушанием только Цареградского патриарха. Октября 17-го открылась в Переяславе новая рада, на которой единогласно избран в гетманы и утвержден в сане Юрий Хмельницкий, потом были прочитаны и приняты гетманом и всем войском те самые статьи, какие даны были государем еще в 1654 г. Богдану Хмельницкому и в которых относительно Киевского митрополита было сказано: "Митрополиту Киевскому, также и иным духовным Малой России быть под благословением святейшего патриарха Московского и всея Великия, и Малыя, и Белыя России, а в права духовные святейший патриарх вступати не будет". Новые же четырнадцать статей, которые пред тем представлены были полковником Дорошенком с товарищи, "на раде отговорены, что тем статьям не быть". По установлении прежних отношений Киевской митрополии к Московскому патриарху надлежало озаботиться, чтобы кафедра этой митрополии не оставалась праздною, ибо митрополит Дионисий Балабан, чувствовавший себя виновным пред московским правительством, не хотел возвратиться в Киев, а проживал в Слуцком монастыре, где настоятельствовал известный архимандрит Феодосии Василевич, бывший наместником митрополитской епархии в Литве. И потому князь Трубецкой тогда же из Переяслава послал грамоту епископу Лазарю Барановичу: "Быть ему блюстителем Киевской митрополии до указу его царского величества". В начале следующего 1660 г. Лазарь Баранович бил челом великому государю, чтобы "пожаловал его велел ему на епископию Черниговскую и Новгородскую дать подтвержденную грамоту, почему ему впредь на епископии быть". Этим челобитьем Баранович ясно выразил пред государем, к его великому удовольствию, что признает над собою его власть и покоряется ему и в церковном отношении. И государь, пожаловав епископа Лазаря просимою грамотою (28 февраля), говорил в ней: "Быть ему на епископии Черниговской и Новгородской по-прежнему и доходы всякими, которыми прежде владел, и ныне владети во всем, и за нас, великого государя, Бога молить, и всякого добра нам хотеть, и во всем наше повеленье исполнять, а мы учнем его держать в нашем государском милостивном жалованье и в призренье". Прошло около пяти месяцев, как блюстительство митрополии поручено было Лазарю Барановичу, и новый гетман попытался пригласить митрополита Дионисия на его митрополичью кафедру письмом от 13 марта 1660 г. "Мы, - писал Юрий Хмельницкий, вырвавшись один раз из-под польского ига и начавши служить царскому величеству, не мыслим никогда изменять ему и не отстанем от него, как от православного монарха и нашего государя. Если мы рассмотрим дело основательно, то убедимся, что он более, чем кто-либо другой, есть наш природный государь… Потому мы сердечно желаем, чтобы твое преосвященство, имея твердую надежду на неизреченное милосердие его царского величества и не веря басням людским, поспешил в осиротелую митрополию. А что касается содержания соборного духовенства, то, если имения монастыря (Софийского) окажутся недостаточными, мы постараемся, чтобы по ходатайству нашему его царское величество по премногому своему милосердию пожаловал духовенство не только имениями, но и особым своим жалованьем, которого удостоились и другие монастыри. Уверяя в этом, преклоняю свою голову под руку твоего преосвященства". Дионисий прислал гетману из Слуцка ответные письма чрез одного своего чернеца, но содержание их неизвестно, только в Киев митрополит не возвратился. Прошло еще более трех месяцев, и малороссийское духовенство, не имея более надежды на возвращение Дионисия, решилось ходатайствовать об избрании себе нового митрополита. Игумен Трехтемировского монастыря Иоасаф, прибыв в Москву, объявил 20 июня в Посольском приказе: "Прислали меня Черниговский епископ Лазарь Баранович, и печерский архимандрит Гизель, и все духовенство бить челом великому государю, что как их малороссийский народ ныне без пастыря, то великий государь пожаловал бы и велел им в Малой России избрать духовным чином митрополита, ибо без пастыря в Малой России быть им невозможно. А кого духовным чином изберут и от кого ему быть рукоположенным, от Московского ли патриарха или от Цареградского, о том как великий государь укажет". Очевидно, что малороссийское духовенство в лице своих представителей, как и прежде выражало, готово было покориться воле государя и признать над собою власть Московского патриарха. Но государю теперь было не до церковных дел. В Литве и Белоруссии войска его вели не совсем удачную борьбу с поляками, и не далее как 18 июня русская пехота потерпела там совершенное поражение и сам воевода, князь Щербатый, попался в плен. А на юге было еще хуже. В августе киевский воевода Шереметев и гетман Хмельницкий двинулись с войсками против поляков и крымских татар, в продолжение сентября потерпели от них несколько, впрочем незначительных, поражений; 8 октября Хмельницкий изменил царю и перешел с своими казаками в стан польский, а чрез несколько дней (23 октября) Шереметев принужден был выдать врагам все московское войско и обязался очистить малороссийские города: Киев, Переяслав, Нежин, Чернигов. Это поразило Москву, и удовлетворение ходатайству малороссийского духовенства о новом для него архипастыре государь по необходимости должен был отложить до более благоприятного времени.