Второе заседание Собора совершилось только 29 апреля, в неделю святых жен-мироносиц, следовательно, спустя около двух месяцев после первого заседания. Такое замедление могло зависеть от того, что признали, может быть, неудобным открыто заниматься судом над раскольниками и волновать народ в продолжение святого Великого поста, который начался в том году 25 февраля, и в продолжение святой Пасхальной недели, а занимались в продолжение всего означенного времени только приготовительными работами для Собора, предварительными допросами и увещаниями лиц, которые должны были судиться на Соборе. Это второе заседание в действительности было первым, потому что на нем только последовало торжественное открытие Собора самим государем. Заседание происходило не в патриаршей крестовой, а в царской столовой палате. Когда собрались в нее все архиереи, бывшие и на первом заседании, кроме митрополита Сербского, и прочие члены духовенства, равно и царский синклит, князья, бояре, окольничие и думные люди, тогда вышел и царь и обратился к духовенству с речью. Он выразил свою радость при виде собравшихся архипастырей своей земли, но вместе и свою скорбь при воспоминании о том, что понудило его созвать их. "Небесный Домовладыка, говорил царь, - посеял на ниве нашей православной державы одну только чистую пшеницу благочестия, но враг завистливый, спящим нам, кому поручено быть стражами пшеницы, всеял в ней куколь - душепагубные расколы… Уже богохульное учение обносится не только в разных странах Богом врученного нам царства, по городам и весям, но вторглось в самую нашу столицу, коснулось нашего слуха, представлено нам в свитках. И мы узнали, что оно содержит следующие хулы: нынешняя Церковь не есть Церковь, Тайны в ней Божественные - не тайны, крещение - не крещение, архиереи - не архиереи, учение неправедное - и все в ней скверно и неблагочестно. Многие скудоумные заразились этим лжеучением и, как бы обезумев, уклонились в нововозникшие сонмища, отвергли крещение, не исповедуют своих грехов иереям Божиим, не причащаются Животворящим Тайнам и совсем отчуждились от Церкви и от Бога". Изобразив такими яркими чертами положение раскола в России, царь умолял архипастырей и пастырей со всем тщанием заняться этим делом, чтобы за свое нерадение и небрежность не отвечать им пред Богом в день Страшного суда, а о себе свидетельствовал, что готов положить за Церковь Божию все свое и самого себя. Затем царь объявил, что он в то самое время, как размышлял об утолении мятежа церковного, обрел при помощи Божией в своей царской сокровищнице бесценный бисер - книгу "Хризовул", утвержденную всеми Восточными патриархами и другими греческими архиереями и присланную ими царю Федору Ивановичу и патриарху Иову (разумелось известное определение Цареградского Собора 12 февраля 1593 г. о Русском патриаршестве), и, называя эту книгу данным от Бога оружием против раскола, пожелал прежде сам прочитать ее на Соборе и потом уже передать архиереям. Приняв на то благословение от святителей, царь сел на свое царское место, велел также сесть архиереям и боярам и, сидя, читал всю книгу. Когда же дошел до Символа веры, начертанного в книге, то поднялся и прочел Символ стоя и спросил архиереев и бояр: так ли они содержат святой Символ и прочие догматы, как изложено в "Хризовуле"? На речь царя отвечал от лица Собора Новгородский митрополит Питирим также речью: благодарим Бога, благоволившего даровать Церкви Своей такого доброго и ревностного стража и поборника; благодарим и самого государя, величая его вторым Константином, истинным расширителем православия, верным слугою Христовым, теплым рачителем кафолической веры; свидетельствовал, что все собравшиеся архипастыри веруют и содержат Символ и все догматы точно так, как прочитано государем в книге "Хризовул", и готовы употребить все меры против врагов Церкви при пособии крепкой царской десницы. По окончании речи митрополита царь поцеловал Символ веры, начертанный в книге "Хризовул", и передал Собору; архиереи все один за другим также поцеловали и передали боярам, окольничим и думным людям, которые поступили так же. И потом велено было чудовскому архимандриту Иоакиму отнести книгу "Хризовул" как духовное сокровище в Успенский собор, и заседание окончилось.