В Москве делали торжественный прием грузинскому царю Теймуразу, прибывшему скрепить союз Грузии с Россией. Патриарх оставил Воскресенское уединение свое, чтобы принять участие в деле, которое было в связи с делами церковными и в котором участвовали предшественники его, начиная с Патриарха Иова. Но Патриарх не был приглашен во дворец. Изумленный Никон послал своего боярина узнать о причине. Стольник Богдан Хитров, любитель старины и родственник царский, ударил боярина палкой; посланный сказал, что он прислан Патриархом; Хитров повторил удар с грубою бранью. Раздраженный Никон требовал удовлетворения, и царь обещал лично объясниться с Патриархом; но происками бояр Никон не получил удовлетворения. Патриарх надеялся говорить с царем в праздники; но пришел один праздник (8 июля 1658 г.), и царь удержан был от выхода; пришел другой (10 июля), – Патриарх долго ждал царя; но князь Ромодановский, пришедший объявить, что царь не выйдет, стал публично упрекать Никона в гордости за титло великого государя и «сказал царским словом», чтобы вперед Патриарх не смел называться и писаться великим государем.
Тогда Никон, огорчившийся до глубины души, потерял терпение. По окончании литургии он объявил вслух, что он более не Патриарх 6; поставил к Владимирской иконе Богоматери посох святителя Петра и в ризнице написал письмо царю, прося себе кельи для пребывания. Это был поступок самоволия, достойный порицания и пагубный по своим последствиям. Царь, смущенный, хотел успокоить Никона; присланный им князь Трубецкой стал увещевать Патриарха: но Никон остался непреклонным, ожидая, по-видимому, «пришествия царского». Еще раз явился боярин и произнес наконец: «Великий государь указал тебе сказать, где ты изволишь, тамо себе монастырь и келии избери». Тогда Патриарх, имевший на этот раз право оскорбиться только тем, что не сбылись его ожидания, вышел из собора, чтобы сесть на телегу. Народ не допустил его, царь прислал карету; но Никон отверг ее и в большую грязь отправился из Кремля пешком на Воскресенское подворье, а оттуда уехал в свой Новый Иерусалим. Вслед за ним был послан Трубецкой, чтобы еще раз от имени государя спросить о причине отшествия. Никон повторил, что «ради спасения душевного ищет безмолвия, отрекается от патриаршества и просит себе в управление только основанные им монастыри: Воскресенский, Иверский и Крестный». Вместе с тем благословлял Крутицкому митрополиту Питириму управлять церковными делами и в письме к царю смиренно молил о прощении за скорый отъезд.
Поселившись в любимой обители, он посвятил себя попечениям о построении каменной соборной церкви, принимал личное участие в работах; вместе с другими копал землю, носил камни, известь, воду. Близ монастыря устроил он пустынь, в которую часто уединялся для поста и молитвы. Молва о труженической жизни добровольного изгнанника не могла не тронуть сердца кроткого царя, из которого еще не изгладились следы привязанности к бывшему другу. Алексей Михайлович не переставал осыпать его милостями; посылал значительные суммы на содержание ему и братии; предоставил в полное распоряжение его доходы с трех основанных им монастырей и принадлежащих к ним сел. Но враги удалившегося Патриарха, в числе их некоторые лица духовные (Крутицкий митрополит Питирим, Рязанский архиепископ Иларион, Чудовский архимандрит Иоаким), продолжали действовать. Стараясь сделать невозможным примирение, они, с одной стороны, более и более вооружали царя; с другой – поддерживали раздражительность в Патриархе. Никон, изнуряя свое тело постом и трудами, не смирился духом настолько, чтобы совершенно отказаться от притязаний на власть, которая ему уже не принадлежала.
Так прошло четыре года, и в это время отсутствие ревностного первосвятителя принесло горькие плоды для Церкви. С одной стороны, сам Никон лишил себя средств примирить простодушных с делом книжного исправления. С другой – враги Никона, стараясь унизить его, вместе с тем унижали в лице его дело святой правды и укрепляли суеверие. Без сомнения, созревшее зло открылось бы и без переворота в судьбе Никона, но в другом виде. Теперь же суеверы приняли самое сильное участие в погибели Никона. Они надеялись, что, низвергнув ненавистного им Патриарха, восторжествуют над самой Церковью. Они успели возвратить Аввакума из Сибири, и Аввакум в столице принимаем был с честью, тогда как Патриарха судили и осуждали. Они открыто просили царя свергнуть Никона, жалуясь, что Никоново исправление книг грозит вере падением 7, внушали народу, что Никон в немилости, Никон под судом за исправление книг.