Понятно, что такие распоряжения не могли не быть неприятными для высшего духовенства. Может быть, в этом заключалась одна из сильнейших причин, почему Петр встречал в нем постоянное противодействие всем своим преобразованиям, особенно в духовенстве великорусском, как более обиженном притеснениями монастырского приказа и не имевшем достаточного для целей реформы образования. В этом сопротивлении видам Петра, доходившем иногда до преступления, оказывались виновными не только священники и монахи, но даже и архиереи 19. Большая часть иерархов великорусского происхождения подражала безмолвию Патриарха; и только весьма немногие выражали делами свое сочувствие Петру, как Афанасий Холмогорский и Тихон Казанский. Первый был лично известен царю своим образованием и ласковым обращением с иностранцами, которые приезжали к архангельскому порту; последний доставлял значительные пожертвования на содержание войска.
В особенности пользовались уважением царя Петра два современных ему святителя: Иов, митрополит Новгородский, и святой Митрофан, первый епископ Воронежский.
Иов, постриженник и впоследствии архимандрит Сергиевой Лавры, митрополит Новгородский с 1697 года, завел в своей епархии училища для образования достойных священников. Главными сотрудниками его в этом деле были греки, братья Иоанникий и Софроний Лихуды, заточенные, как мы уже видели, в костромской Ипатьевский монастырь, Иов выпросил их у царя Петра и с помощью их в 1706 году учредил при доме своем два училища – греко-латинское и словенское. Для помещения их он построил подле своего архиерейского дома обширное двухэтажное здание, до сих пор известное под именем «Лихудиевского училища». В шесть лет они довели своих учеников до риторики и логики, обучив их сверх того греческому и латинскому языкам. Через учеников, получивших образование в этих училищах, митрополит завел потом до четырнадцати русских школ по уездным городам и монастырям обширной своей епархии.
Кроме занятий по училищу, Лихуды трудились над сочинениями и переводами книг с греческого и латинского на русский язык. Для пособия им митрополит Иов вызвал из Москвы некоторых прежних учеников их (иеродиакона Кариона Истомина, Николая Семенова и других) и таким образом учредил при своем доме «Общество переводчиков» 20. Кроме этих учреждений, клонившихся к распространению отечественного просвещения, митрополит Иов достопамятен еще другими заботами, делающими честь его человеколюбию. Он с 1706 года на иждивении своих вотчинных доходов завел в Новгороде три больницы, странноприимницу и дом для незаконнорожденных и подкидышей. Этот воспитательный дом был устроен в приписанном к архиерейской кафедре упраздненном монастыре Колмове, на берегу Волхова, близ Новгорода. Иов живал здесь летом и сам наблюдал за своими «найденышками». Государь, узнав об этих человеколюбивых учреждениях, в 1712 и 1713 годах повелел на содержание их приписать к Новгородскому архиерейскому дому половину монастырских вотчин в Олонецком уезде и Галилейскую пустынь в Новгородском уезде, в Деревской пятине, бывшую до того времени за Воскресенским монастырем; в 1714 году обратил в воспитательный дом для приема несчастнорожденных и всяких младенцев богадельню сестры своей, царевны Наталии 21. Достигнув глубокой старости, Иов несколько раз просился на покой в Троицкий монастырь, в котором принял пострижение, или в Колмов, где завел воспитательный дом для подкинутых младенцев; но государь удерживал полезного деятеля на его месте. Досточтимый святитель скончался 3 февраля 1716 года 22.
Святой Митрофан знаменит не школьною ученостью, но святостью жизни и содействием Петру в усердном радении о благе родной земли.
Михаил (мирское имя святого Митрофана) происходил из духовного звания и провел большую часть жизни в быту семейном. Овдовев 23, он на 40-м году постригся в Золотниковской обители, недалеко от Суздаля. Там же и после в Макарьевском Унженском монастыре был он настоятелем.
В 1682 году, когда нужно было избрать первого епископа Воронежского, царь Феодор, благоговевший к преподобному Макарию, избрал «ученика и наместника его, игумена Митрофана, мужа истинно праведного и святого», как говорит современная монастырская записка 24. Новые епархии, в том числе и Воронежская, открыты были тогда с тою целью, чтобы ближайший надзор святителей мог вовремя видеть замыслы лжеучителей, принимать меры для противодействия расколу. Митрофан посвящен в епископа Воронежского 2 апреля 1682 года Патриархом Иоакимом с 16 архипастырями. Здесь же, в Москве, пришлось ему убедиться в значении раскола для Церкви и государства: он был свидетелем кровавого неистовства стрельцов против ненавистных им бояр и буйства Никиты Пустосвята с его шайкой в Грановитой палате. Нельзя было не удержать до гроба в душе этих страшных сцен. И святитель Митрофан до гроба был столько же твердым обличителем своеволий раскола, сколько ревностным попечителем о благе государственном.