В послании к литовцам православным Фотий, упомянув о совершившемся воссоединении Русской митрополии, говорит, что он с теплою любовию духовною пришел к их любви, чтобы сеять между ними семя слова Божия, объясняет притчу «о человеке царе, состязавшемся о словеси с рабы своими», прилагает ее к тем страшным казням Божиим, которые тогда поражали Литву и всю Россию, убеждает всех покаяться и исправиться, угрожая гневом Божиим, и, в частности, дает наставления князьям, вельможам, богатым и проч. «Вы же, благородные князи и вельможи, которым вручен народ христианский, молю вас непрестанно, оказывайте всякое благодеяние, и заступление, и помощь Христовым людям, по природе родственной вам и присной братии, от которых и вы сами... И за них Христос пролил Кровь Свою, а вас поставил над ними владельцами. Посему умоляю вас, чада мои, призирать и блюсти их в соблюдение заповедей Христовых и во всем содержать нелицемерный суд Божией правды...
К числу лучших посланий Фотия принадлежит написанное им в Псков по случаю моровой язвы. «Изначала, – пишет митрополит, – Творец наш Христос Владыка наказывает нас, Свое достояние, многоразличными наказаниями и болезнями к нашему исправлению, требуя обращения нашего, а не погибели. Посему многократно всячески претит нам, щадя корень, да сохранит плоды. Вот и на нас, возлюбленные, последовало такое Божие наказание, на Москву, и на иные окрестные грады, и на Тверь, и на другие страны. Мы за то только благодарим глубину судеб Божиих и неизреченную пучину человеколюбия Господа, что Он не внезапно и не горько взимает Свои создания, а дает вполне приготовляться к христианской кончине с чистым покаянием и исповеданием, с елеосвящением и причащением Честного Животворящего Христова Тела и Божественной и Животворящей Его Крови; а многие отходят к Богу и в подобии великого ангельского одеяния. И я имею надежду на человеколюбие Божие об отходящих таким образом к вечному животу. Молюсь также человеколюбцу Богу и надеюсь, ожидая, что Он праведный гнев свой обратит в прежнее милосердие к нам, Своему достоянию. Страшась же и трепеща постигших нас Владычних наказаний, все мы, православные, вместе должны внимательно испытать себя и познать, за что мы так страдаем и не уклонились ли с правого пути. А затем со слезами да потщимся снова вступить на правый путь, прибегнем к Богу, чистосердечно исповедуясь Ему во всем, и отступим от всех нечистот и страстей...» После этого святитель преподает краткие наставления священникам и инокам, посадникам, властителям и нарочитым града, приличные их званию.
Духовное завещание митрополита Фотия разделяется на две половины. В первой – он бросает взгляд на свою протекшую жизнь, с любовию вспоминает о летах своей молодости, которые провел в пустыне под руководством блаженного старца Акакия, говорит о своем внезапном и почти невольном возведении в сан митрополита Русского и перечисляет те скорби, какие испытал в России в продолжение своего архипастырства. Во второй части, исповедав кратко православную веру, прощается с греческими царями и русскими князьями, живыми и умершими, с митрополитами, архиепископами и епископами и со всеми православными духовного и мирского чина, благодарит тех, которые любили его, своего архипастыря, и оказывали ему пособия в жизни, прощает и разрешает всех оскорблявших его и подвергшихся его запрещению, поручает свое митрополичье достояние, бояр и слуг великому князю и его супруге, и еще раз преподает всем конечное целование, прощение и благословение. Эта последняя часть, которая и есть собственно завещание, действительно составлена по образцу завещания Киприанова, хотя содержит в себе более подробностей.