Правление митрополита Даниила продолжалось еще около семи лет, но о действиях его в это время известно весьма немного. Последнюю услугу великому князю Василию Ивановичу оказал он незадолго пред его кончиною (3 декабря 1533 г.). Пришедши уже в крайнее изнеможение, государь выразил давнее свое желание постричься. Некоторые бояре стали было противиться этому и говорили: «Великий князь Владимир киевский и другие великие князья умерли не в чернецах, а сподобились покоя с праведными». Тогда митрополит, с гневом выразив свое неблагословение главному из возражателей, Андрею Ивановичу Воронцову, присовокупил: «Хорош сосуд серебряный, но лучше позлащенный» – и поспешил исполнить волю умиравшего князя, дал ему при пострижении имя Варлаама и в монашеских одеждах похоронил его в Архангельском соборе. Умирая, Василий Иоаннович «приказал» сына своего и наследника Иоанна, которому не исполнилось еще четырех лет, отцу своему Даниилу митрополиту. И Даниил, едва только скончался государь, немедленно привел братьев его и бояр к присяге новому государю и матери его, правительнице государства, Елене. А чрез несколько времени в Успенском соборе в присутствии духовенства, князей, бояр и народа торжественно благословил Иоанна святым крестом на великое княжение. Пока жива была Елена, Даниил не чувствовал над собою никакой перемены. Его приглашали в Государственную думу для совещаний и просили его благословения пред начатием войны с Литвою; он являлся посредником для примирения великого князя и его матери с младшим братом покойного государя Андреем. Но когда Елена скончалась (3 апреля 1538 г.) и настали смуты бояр, теснивших и давивших друг друга из-за власти, судьба митрополита скоро изменилась. Он имел неосторожность пристать к стороне князя Ивана Бельского, пользовавшегося некоторое время особенною доверенностию малолетнего Иоанна. Но князья Шуйские успели низложить Бельского и заключить в темницу. Затем свергли с престола и митрополита Даниила (в начале февраля 1539 г.) и сослали его в волоколамский монастырь, где он прежде был игуменом. Там спустя почти два месяца заставили его написать грамоту, в которой он отрекался от митрополии не по болезни или немощи, как некогда отрекся митрополит Зосима, а, к изумлению, по сознанию своей неспособности к такому высокому служению и свидетельствовал, будто он отпущен государем и великим князем в безмолвное житие по ходатайству всего святительского Собора.
Эту грамоту бывший митрополит подписал 26 марта 1539 г., а еще 6 февраля был избран, наречен и возведен на митрополичий двор и 9 февраля поставлен новый митрополит Иоасаф Скрыпицын из игуменов Троицко-Сергиева монастыря, воспринимавший от купели Иоанна. По-видимому, и избрание и поставление были совершенно законны, в том и другом участвовали святители: Макарий Новгородский, Иона Рязанский, Акакий Тверской, Досифей Сарский и Алексий Пермский. Но святители немало погрешили в том, что, вероятно уступая давлению мирской власти, избрали и поставили нового митрополита прежде, нежели прежний отрекся от своей кафедры. Свергнув Даниила, князь Иван Шуйский естественно мог рассчитывать, что в новом, избранном по его желанию первосвятителе найдет себе верного союзника и твердую опору, но скоро увидел свою ошибку. Иоасаф вместе с некоторыми боярами в июле 1540 г. осмелился ходатайствовать пред государем об освобождении из темницы князя Бельского, заключенного туда Шуйскими, и Бельский был освобожден. С того времени Бельский и митрополит сделались самыми приближенными лицами у государя, его «первосоветниками» и, надобно сказать, старались употреблять свою власть для умиротворения и благоденствия отечества.
Но чем больше отличал их государь, тем сильнее негодовали на них бояре, сторонники Шуйского, и составили против них заговор, в котором приняли участие многие дворяне, дети боярские и новгородцы. Сам Шуйский, находившийся тогда с войском в Новгороде, в ночь на 3 января 1542 г. прибыл в Москву без ведома государя, прислав туда наперед сына своего с тремястами всадников. В ту же ночь в Кремле произошла сильная тревога: схватили Бельского в его доме и утром отправили на Белоозеро, где впоследствии его умертвили; схватили и двух главных его советников и разослали по городам, окружили кельи митрополита, бросали в них камнями и разбудили его. Испуганный, он думал найти убежище во дворце, но заговорщики бросились за ним и туда и своим шумом разбудили государя и привели его в трепет. Митрополит бежал на Троицкое подворье, но дети боярские и новгородцы преследовали его с бранными словами и едва не убили его на подворье, только троицкий игумен Алексей именем преподобного Сергия чудотворца да князь Дмитрий Палецкий с трудом умолили их воздержаться от убийства. Митрополит был взят и сослан на Белоозеро в Кириллов монастырь, откуда впоследствии был переведен в Троицко-Сергиев, где и скончался.