Организация синода, как вскоре была наименована духовная коллегия, передает управление церковью всецело в руки государства. Постоянных членов в синоде нет; все члены временные, приглашаются на определенные сроки императором из числа архиереев (не менее трех), архимандритов и протопопов; председатель и вице-председатель синода также назначаются императором. Имея широкий простор для выбора членов синода, императорская власть не представляет такого же простора /194/ синоду в замещении свободных кафедр. Синод только «свидетельствует» перед императором кандидатов, т. е. указывает их, но императорская власть вовсе не принимает на себя обязательства назначать именно тех лиц, которых указывает синод. Правда, синод сейчас же после учреждения добился упразднения Монастырского приказа и получил все те функции, которые ранее принадлежали последнему; но зато правительство приняло сейчас же меры, чтобы административно-хозяйственное управление синода стояло под строгим контролем государства. Контроль был вверен обер-прокурору синода, светскому чиновнику, названному в официальной инструкции 1722 г. «оком государя и стряпчим по делам государственным». Он, подобно обер-прокурору сената, обязан был «смотреть накрепко, дабы синод свою должность хранил и во всех делах… истинно, ревностно и порядочно без потеряния времени по регламентам и указам отправлял», «также должен накрепко смотреть, дабы синод в своем звании праведно и нелицемерно поступал». В случае упущений или нарушений указов и регламентов обер-прокурор должен был предлагать синоду, «дабы исправили»; «а ежели не послушают, то должен в тот час протестовать и иное дело остановить, и немедленно донесть нам (императору), если весьма нужное», Через обер-прокурора синод получал также все правительственные указы и распоряжения. Обер-прокурор еще не был назначен главою духовного ведомства — эта функция формально и фактически оставалась за императором и формально перешла к обер-прокурору только в 1824 г., — но отношения между синодом и правительственной властью, несмотря на попытки синодской фронды, уже в 30-х годах XVIII в. сложились такие, что церковь можно было с полным правом назвать синодской командой, — недаром на должность первого обер-прокурора Петр предписал сенату выбрать «из офицеров доброго человека» и больше половины обер-прокуроров XVIII в. были военными. За синодальными верхами этой команды послушно тянулись низы: епархиальные архиереи, превратившиеся в духовных чиновников, и белое духовенство, в городах всецело зависевшее от архиереев, а в селах — от местных помещиков, трактовавших сельских священников, как «подлый род людей».
По-видимому, Петр предвидел возможность церковной фронды при проведении описанной реформы и потому еще до опубликования Духовного Регламента предложил /195/ обсудить и подписать его проект сенаторам и бывшим в то время в Петербурге шести архиереям. Подписанный проект был затем послан с подполковником Давыдовым в Москву, куда собрали остальных архиереев, которым Давыдов «указом царского величества» также предложил дать свои подписи. Подписали все, кроме двух: сибирского архиерея, не приехавшего за дальностью расстояния, и белогородского, не приехавшего по какой-то другой случайной причине. Однако многие архиереи чувствовали, что их «без рассмотрения о крыющихся в оном Регламенте ересях принудили подписаться», и поэтому ждали случая повернуть дело назад. Сначала сам синод пробовал поставить себя на место патриарха. По формальному вопросу, о порядке сношений с сенатом, он в запросе Петру рискнул заметить, что «духовная коллегия имеет честь, силу и власть патриаршескую или едва ли не большую, понеже собор»; но Петр прошел мимо этой вылазки и в 1722 г., отправляясь в персидский поход, официально подчинил синод сенату. Первый повод для открытой церковной реакции дала смерть Петра. Появились претенденты на патриарший престол, надежды которых особенно расцвели по вступлении на престол Петра II, воспитанного бабушкой, царицей Авдотьей, в строгих правилах старины. Один из претендентов, новгородский архиепископ Феодосии, «плут Федос», торжествовал: «государь де… весьма тщился ниспровергнуть сие духовное правительство и для того нас утеснял штатами и недачею жалованья (вот где ересь!); а теперь-де смотрите, отцы святые, мы живы, а он умре». Однако «плут» Феодосии скомпрометировал себя нелепым поведением в своей епархии. Не дожидаясь, пока судьба вознесет его на патриарший престол, он попробовал «отложиться» от синода. Он составил присягу по образцу императорской и разослал ее по всем церквам и монастырям новгородской епархии с приказанием, чтобы эту присягу принесло ему все подчиненное ему духовенство. Тогда «плут Федос» был приговорен синодом «за злоковарное свое воровство» к лишению епископского сана и простым чернецом был сослан в Холмогоры, а составленная им присяга была всенародно сожжена.