Ко времени диспута стрелецкое движение, опираясь по-прежнему на московский посад, завязало связи и с крестьянством. Еще во время майских событий стрельцы объявили вольными холопов и уничтожили кабалы в холопском приказе. Став господами положения в Москве, стрельцы принимали в свою среду всех приходивших к ним «гулящих» людей и беглых крестьян и установили в полках обычай казацких кругов, на которых обсуждалось положение дел и принимались решения о последующей тактике. При таком положении Хованский мог 5 июля кончить дело одним ударом, но почему-то на это не решился. Поэтому диспут кончился ничем, и стрельцы мирно разошлись, а правительству удалось через неделю выловить и арестовать Никиту и других видных агитаторов. Положение двора все же было отчаянное, и он должен был выехать из Москвы в Коломенское. Хованский после диспута продолжал идти к своей цели. Как выяснил последующий розыск о его деле, московские прения о вере должны были послужить предлогом к революции по всему Московскому государству. Обнаружилось, что Хованский за достижение престола обещал посадским людям уничтожение воевод и приказных людей и проведение контрреформации: «Патриарха и властей поставить, кого изберут народом, которые бы старые книги любили». Орудием революции должны были быть стрельцы: они должны были прийти неожиданно в город и перебить царей, Софью, патриарха и власти. Хованский не брезговал и крестьянством и ничего не имел против бунта крестьян в дворянских поместьях. В развитии хованщины и политическая и религиозная цели движения /154/ не скрывались даже его рядовыми деятелями. «Пора, государыня, давно вам в монастырь, полно вам царством-то мутить», — отвечали стрельцы на угрозу Софьи уехать из Москвы во время прений о вере.
Однако честолюбивым планам Хованского не суждено было осуществиться. Удобный момент для переворота он упустил, а затем обнаружилось, что стрельцы не были надежной опорой; в их среде очень скоро началось разложение. Индифферентное к вопросам веры меньшинство не хотело идти на защиту старой веры с оружием в руках: это-де дело патриарха и попов, а стрельцам сюда мешаться нечего. Учитывая такие настроения, патриарх и правительство энергично стали действовать среди стрельцов подкупом. Хованскому и посаду приходилось ждать, когда какое-нибудь событие опять поднимет настроение и сплотит стрельцов.
Тем временем подошла осень. Не дожидаясь атаки со стороны врага, Софья в сентябре решила действовать сама. Особый отряд из придворных был послан взять Хованского, и он погиб на плахе, предварительно, по словам Аввакума, битый батогами, как мученик за старую веру; а к Москве было стянуто дворянское ополчение, которое быстро справилось с новым стрелецким бунтом после казни Хованского. Со стрельцов взяли присягу, что они больше к мятежникам-раскольникам приставать не будут и казачьих кругов заводить не будут, все крестьяне и «гулящие» люди, записанные в это смутное время в полки, были отставлены от службы и розданы по крепостным грамотам помещикам; наконец, заставили стрельцов подать челобитную об уничтожении столба на Красной площади. Начальником стрелецкого войска был назначен безродный дворянин Шакловитый, выслужившийся из простых подьячих. Большего унижения нельзя было и придумать. И только после этого Софья и двор решились под охраною дворянского ополчения вернуться в Москву. Теперь правительство озаботилось проведением новых репрессивных мер против раскола. Они суммированы в знаменитых 12 статьях указа 1685 г. Указ предписывал жечь в срубе за хулу на церковь, за распространение мятежа, за подговор к самосожжению, за возвращение в раскол после покаяния; казнить смертью перекрещивающих в старую веру; бить кнутом и ссылать тайных раскольников и укрывателей. Имения казненных и ссыльных конфисковались, ибо «сыщикам много шло государевой казны». Только теперь начались /155/ настоящие гонения и облавы, перед которыми прежние «мучительства» были ничто.