Завершая объединение страны, Хидэёси совершил поход против сацумского князя Симадзу, союзника феодального дома Мо̄ри, враждебного Хидэёси. Во время этого похода он впервые столкнулся с компактным христианским населением, слепо верившим иезуитам и отказывавшимся повиноваться «языческим» властям. Это открытие заставило Хидэёси задуматься. К тому же он узнал, что миссионеры промышляют работорговлей и продают японцев на невольничьи рынки в Индию. А поскольку сопротивление буддийского духовенства было уже сломлено и надобность в союзе с христианами отпала, в июне 1587 г. Хидэёси издал два указа. Один из них запрещал даймё̄, размер владений которых превышал 200 тё, принимать христианскую веру, а второй предписывал всем миссионерам покинуть Японию в 20-дневный срок под страхом смертной казни. Указ этот фактически не был приведен в исполнение. В то время не нашлось подходящего судна, и всех пойманных священников свезли в Хирадо. Никакой охраны к ним не приставили, и поэтому они вновь рассеялись по стране и вернулись к своей пастве.
На первый взгляд все осталось по-прежнему. Но с того времени в отношении Хидэёси к христианству произошел перелом. В 1590 г. вернулись посланцы из Рима. В их честь был устроен великолепный пир. Прибывшие из Европы японцы были одеты в богатые одежды, которые им подарил сам папа, и играли на европейских музыкальных инструментах. Войдя в зал, Хидэёси направился к патеру Валиньяни, который сопровождал депутацию в Рим, и в знак особого уважения сел с ним рядом. Он внимательно слушал рассказ священника, но, как только речь зашла о христианстве, тотчас закончил аудиенцию.
В 1593 г. в Японию прибыла группа испанских монахов-францисканцев под предводительством священника Педро Баптисте. Немедленно началась борьба за влияния между иезуитами и францисканским орденом. Последовали интриги, взаимные отлучения от церкви, жалобы Риму. Соперники, пытаясь очернить друг друга, старались доказать нелояльность противника по отношению к японским властям. Дело решилось неожиданно.
Как-то раз Хидэёси принял у себя капитана одно-го испанского корабля, и тот показал ему карту владений Филиппа II. Хидэёси полюбопытствовал, каким образом королю Испании удалось так расширить территорию своего королевства, на что капитан наивно ответил:
— Король сначала посылает в чужие страны миссионеров для проповедей и обращения народа, а затем солдат для завоевания этих стран.
Хидэёси пришел в ярость и повелел немедленно искоренить христианство как вредную и опасную секту. Повинуясь его приказу, солдаты вторглись в монастырь францисканцев в Осака и схватили четырех человек, в том числе настоятеля монастыря Педро Баптисте. Кроме того, в Киото было схвачено 15 японцев-христиан и пятеро испанцев. Все 24 человека были заключены в тюрьму в Киото, где у каждого из них был отрезан кусок левого уха. 4 февраля 1597 г. их повезли на телегах в Нагасаки. Впереди процессии красовалась надпись:
«Эти люди будут распяты в Нагасаки за ослушание правителя».
Всего в Японии было тогда казнено более 80 христианских проповедников. Хидэёси вторично приказал выслать из страны всех миссионеров, но этот приказ опять не был исполнен, так как проповедники нашли защиту у феодалов-христиан.
После смерти Хидэёси в 1598 г. отношения между японским правительством и христианами продолжали ухудшаться. Правда, захвативший власть Токугава Иэясу поначалу отказался от крутых мер своего предшественника, так как не хотел нанести ущерб торговле. Однако при этом он относился к испанцам и португальцам очень подозрительно и всячески пытался ограничить их контакты с населением. Вскоре же судьба послала ему новых торговых партнеров.
В 1600 г-к берегам Японии подошло голландское судно «Лифде». Узнав об этом, Токугава Иэясу выразил желание лично допросить кого-либо из команды. К нему был доставлен некто Уильям Адамс, англичанин, служивший на «Лифде» штурманом. Этот человек произвел на Иэясу столь сильное впечатление, что он предложил Адамсу сделаться своим советником. Тот согласился. Он принял японское имя Миура Андзин, получи звание самурая высокого ранга и поместье, приносившее ему немалый доход. Адамс занимал очень высокое положение в окружении Иэясу и был одним из его самых доверенных сотрудников. Понятно, что он оказал большую помощь английским купцам и не менее сильно навредил испанцам и португальцам, которых ненавидел: ведь в то время память об угрозе вторжения «Непобедимой армады» Филиппа II на Британские о-ва была еще совсем свежей.
Между тем, испанцы и португальцы безуспешно пытались восстановить свое былое влияние в Японии. Католические миссии продолжали прибывать в порты о-ва Кюсю. При этом, несмотря на угрожающее положение, ссоры и интриги между иезуитами и другими монашескими орденами не прекращались. Но главный удар и те и другие, конечно, направляли против Адамса и голландцев и, пытаясь представить их в невыгодном свете, зачастую совершенно теряли чувство меры.