Косвенным доказательством падения значения охоты в жизни людей служит резкое уменьшение числа находок наконечников стрел в археологических слоях, относящихся уже к началу периода Яёй. Кроме того, важным свидетельством происходивших изменений могут служить данные палеоботаники. Распространение сосны и других хвойных пород началось в юго-западной Японии 2 тыс. лет назад, в центральной Японии — 1500 лет назад и в северо-восточной Японии — 800–700 лет назад. Это соответствует последовательности распространения интенсивного земледелия и сопутствовавшего ему производства металла и керамики с высокотемпературным обжигом, что привело к вырубанию широколиственных вечнозеленых лесов с последующим вытеснением их хвойными породами. Таким образом, «типично японский» пейзаж с обилием хвойных пород, столь богато представленный в искусстве и литературе этой страны, представляет собой реалию сравнительно недавнего времени.
Серьезное археологическое изучение культуры рисоводства началось в 1947–1950 гг., когда были осуществлены раскопки древних заливных рисовых полей в Торо (префектура Сидзуока). Было обнаружено более 50 полей общей площадью в 75 тыс. кв. м. (размер полей варьировался от 2396 кв. м. до 375 кв. м). После этого подобные поля были открыты в самых разных частях страны (в настоящее время обнаружено более 230 мест возделывания риса, относящихся к периодам Яёй и Кофун).
Может быть самой впечатляющей находкой стало обнаружение в начале 80-х годов заливных полей в местечке Тарэянаги (префектура Аомори), что резко отодвинуло на север границу аренда распространения древнего рисоводства. Обнаруженные там участки расположены у подножия горы и обнаруживают чрезвычайно высокую степень привязанности к рельефу, с чем, вероятно, связаны их миниатюрные размеры (700 участков занимают площадь всего около 4 тыс. кв. м).
Заливное рисоводство имеет ряд принципиальных отличий от богарного (суходольного) земледелия. Его технология весьма сложна и трудоемка: она требует создания ирригационных (оросительных и дренажных) систем и, зачастую, предварительного выращивания рассады. Однако эти «недостатки» при правильном соблюдении технологического цикла оборачиваются значительными достоинствами. Заливное рисовое поле, бóльшую часть года покрытое слоем воды, не нуждается в прополке и глубоком ежегодном перепахивании, а проточная вода на рисовых полях сама во многом компенсирует естественную потерю плодородия почвы за счет приносимого ею мелкозема. Участок, предназначенный для выращивания рассады, легче защитить от холодов, сорняков, насекомых и птиц, его перекопка не требует особых усилий, а для удобрения не нужно большого количества органических веществ. Несмотря на очевидную трудоемкость высадки рассады (тауэ), этот процесс может быть растянут во времени и производиться при благоприятных погодных условиях. В результате уменьшается риск гибели посевов и создается возможность сбора двух полноценных урожаев в год.
Внедрение заливного рисоводства в период Яёй началось с освоения склонов пологих холмов, что, требовало меньшего объема земляных работ, связанных со строительством оросительных и дренажных систем, чем на равнине. Правда, урожайность на таких участках с низкозалегающими подпочвенными водами была существенно ниже (земли с высоким уровнем подпочвенных вод, требующие высоких трудозатрат на ирригацию, стали разрабатываться позднее, в период Кофун), Считается, что она составляла около 6 ц. с гектара. Поскольку в теплом и влажном климате потребность в калориях существенно ниже, чем в холодном, такую урожайность можно считать вполне достаточной для обеспечения увеличивавшегося населения (считается, что в период Яёй оно выросло в 3–4 раза).
Хотя заливное рисоводство существенно снижает степень зависимости земледельца от погоды, в благоприятных климатических и микроклиматических зонах Японии даже в условиях господства «полного цикла» заливного рисоводства довольно долго сохранялось «неклассическое» рисоводство без выращивания рассады. Урожай при этом зачастую оказывался выше, чем при использовании «классической» технологии. Это показывает, что выращивание рассады само по себе не может считаться признаком принципиально более высокой стадии развития земледелия — дело в конкретных климатических условиях и характере приспособления к ним.
Распространение культуры Яёй на о-ве Хонсю̄ не было равномерным. И если на юго-западе (за исключением юга Кю̄сю̄) и в Центральной Японии рисоводство укоренилось очень быстро, то на северо-востоке этот процесс протекал намного медленнее, хотя, как уже говорилось, рисоводство уже в начальный период своего распространения проникло далеко на север. Но это проникновение носило «точечный» характер и не привело к далеко идущим хозяйственным и социальным последствиям.