Еще в начале VIII в. дом Фудзивара породнился с императорской династией, Так, Фухито, дочь сына первого Фудзивара-но Каматари, стала женой императора Сёму и императрицей. Таким образом, сохранился принцип, установленный еще родом Сога, когда в системе дуального правления [импе раторский + другой знатный род] — соправители были связаны между собой родственными узами по материнской линии.
Однако Фудзивара заняли высшие посты в управлении государством не сразу, что было связано с рядом объективных причин. Прежде всего, они должны были выдержать острое соперничество с другими знатными родами (Киёхара, Татибана, Ки и Миёси), которые имели не только прочные позиции при дворе, но и родственные связи с императорским домом. Кроме того, существовали проблемы и внутри дома Фудзивара, в котором было четыре основные ветви, ведущие свое начало от четырех сыновей Фухито. К середине IX в. наиболее сильной и политически и экономически стала северная ветвь (хоккэ). Члены других ветвей либо служили в провинции (как, например, ветвь Фудзивара в провинции Муцу, которая, породнившись со знатными родами эмиси, стала одним из самых сильных родов на северо-востоке страны), либо занимали небольшие должности в столице.
Фудзивара-но Ёсифуса был первым представителем дома, занявшим высокое место в системе государственного управления. Он был женат на дочери императора Сага. В 859 г. Ёсифуса сделался сэссё̄ — регентом при императоре Сэйва, возведенном на трон в возрасте 9 лет. Необходимо отметить, что Ёсифуса стал первым регентом не из императорского дома.
С этого времени власть дома Фудзивара достигла высшей точки. Система дуального правления получила дальнейшее развитие. Теперь соправителем императора всегда был представитель дома Фудзивара, дед или дядя императора по материнской линии. Несмотря на сопротивление дома Татибана, утвердилась система сэссё̄ и кампаку — регентов при, соответственно, несовершеннолетних и взрослых правителях. Был установлен институт сэккан сэйдзи, сохранившийся и после того, как Фудзивара утратили высшую политическую власть — вплоть до середины XIX в. Интересно, что традиция императорского дома брать в жены женщин из дома Фудзивара прервалась только на последнем, нынешнем императоре Акихито. Аполо гетический по отношению к Фудзивара литературный памятник «Окагами» («Великое зерцало»), написанный в конце XI — начале XII вв., отмечает, что «от основания государства в доме Фудзивара было 30 левых министров, 57 правых министров, 12 министров двора и… 7 кампаку» — красноречивое свидетельство роли Фудзивара в государственном управлении.
Мотоцунэ, племянник Ёсифуса, сменивший его на посту регента при императоре Ёдзэй, впервые получил должность кампаку в 885 г. и, как свидетельствует «О̄кагами», «был старшим придворным в течение 27 лет, министром государства — 20 лет и управлял страной около 10 лет». Система укреплялась, однако в ней бывали и сбои, особенно в начале ее существования.
В 887 г. на трон был возведен император Уда, не имевший прямых родственных уз с Фудзивара. Мать Уда была дочерью принца Макано, одного из сыновей императора Камму. Уда, видимо, стремился к большей политической самостоятельности, чем допускал Мотоцунэ, и всячески противостоял ему. Однако Мотоцунэ был талантливым политиком и опытным царедворцем и сумел сохранить свое положение до самой смерти в 891 г.
После этого указа о назначении нового кампаку не последовало. Молодой император правил сам, с помощью таких советников, как Миёси и Сугавара. Противостояние между императором и домом Фудзивара проявилось и в выборе наследника, не связанного прямыми кровными узами с северной ветвью Фудзивара, а также в том что в государственном совете (дадзё̄кан) представители главной ветви Фудзивара занимали менее половины мест.