Вторая половина IX и начало X вв. отмечены постоянными восстаниями на северо-востоке (в 848, 875, 883 и 90-х годах). В целом, конец IX в. был неспокойным временем. Провинциальные чиновники в сообщениях в столицу часто жаловались на бесчинства сюба-но то («конных банд»), которые грабили и убивали население. Известны факты, что они нападали на усадьбы управителей провинций (в 901 г. — в провинции Этидзэн, в 905 г. — в провинция Хида), грабили провинциальные склады, убивали чиновников.
Правительство принимало ответные меры. В IX в. в центральной и северной Японии были созданы посты кэбииси — своего рода военизированной полиции. В период между 889 и 898 гг. в наиболее беспокойный район, провинцию Кодзуса, управителем был назначен принц Такамоти, которому было даровано имя Тайра, записываемое иероглифом «усмирять, успокаивать». В 901 г. был введен закон, расширивший права управителей провинций, согласно которому они могли самостоятельно, не дожидаясь императорского указа, поднять войска для поимки преступников. Были также сняты ограничения на размеры военных отрядов, находившихся в подчинении провинциальных властей. Можно сказать, что на востоке страны региональные особенности получили и некоторое юридическое оформление.
С конца X в. среди «военных» домов на первый план выдвинулись Тайра и Минамото. В период инсэй у отрекшихся императоров служили хокумэн-но буси — дворцовые стражники, которых возглавляли то̄рё̄. Последние выбирались либо из Гэндзи (Минамото), либо из Хэйси (Тайра) — родов, имевших в то время самые крупные и боеспособные военные отряды. И хотя то̄рё̄ не занимали никаких «военных» государственных должностей, они фактически были командующими «официальной» армией, в которую в случае необходимости преобразовывались их отряды. Кроме того Тайра и Минамото «выказывали почтение» по отношению к таким государственным людям как Фудзивара-но Митинага, за что получали официальные государственные посты и ранги. Многие представители этих домов становились управителями провинций, что способствовало их обогащению и росту их политического влияния.
В IX-X вв. в Японии сложилась двуступенчатая система организации вооруженных сил. На постоянной основе существовали два вида военных формирований: столичная гвардия и провинциальные отряды, подчинявшиеся непосредственно управителям-дзурё̄. Таким образом, военная система была как бы «столичной» и «провинциальной».
Поначалу столичные силы состояли из стражи императорского дворца и городских ворот и столичной гвардии. Согласно «Тайхорё», последняя должна была формироваться рекрутскими наборами в провинциях, а стража дворца и ворот — из представителей столичной и провинциальной знати. Вероятно, данная система изначально функционировала плохо, и в 792 г. столичную гвардию ликвидировали. Главным военным ведомством в столице стало «полицейское управление» (кэбииситё̄), созданное в начале IX в., а к X в. превратившееся в крупное учреждение, организованное по типу других государственных ведомств и имевшее в своем штате как чиновников, так и воинов. Однако собственно военные отряды «полицейского управления» в X-XI вв. были небольшими, вероятно менее 500 чел.
Кроме «официальных» сил имелись еще и военные отряды аристократических домов (сёка-но хэйси). Их существование не было предусмотрено законодательством, но, видимо, именно они были наиболее боеспособны. В дневниках аристократов того времени встречается много упоминаний о схватках между такими отрядами, происходивших на улицах столицы. Императорский двор время от времени издавал малоэффективные указы, запрещавшие частным лицам пользоваться оружием. Вообще, в X-XI вв уже просматриваются тесные связи между «официальными» и «частными» военными отрядами; предположительно, в них даже могли служить одни и те же люди.
Среди столичных жителей — как аристократии, так и ее окружения — было много первоклассных стрелков из лука и людей, искусно владевших мечом. Популярным развлечением тех лет были состязания в стрельбе из лука на скаку — ябусамэ. Аристократы-обладатели высоких рангов сами, как правило, не принимали участия в подобных состязаниях, но охотно обеспечивали своих лучших стрелков «конем и луком».
Провинциальные военные отряды были двух типов: отряды управителей и отряды местных знатных домов. Первые, в, свою очередь, состояли из частей непосредственного подчинения и «воинов провинции», так называемых куни-но цувамонодомо. В непосредственном подчинении находились приближенные к управителю представители провинциальной знати, которых, наверное, можно уже назвать вассалами. Кроме них, в отряды включались чиновники провинциальных управлений (дзайтё̄-но каннин), в обязанности которых входил контроль над изготовлением оружия в данной провинции. Самыми крупными отрядами обладали главы приграничных провинций севера и юга страны, а также побережья Внутреннего Японского моря.