В 1961 году молодой историк получил возможность отправиться в США, в течение года проходил стажировку в Принстонском университете. По воспоминаниям Милорада Экмечича, время, проведенное в Америке, он потратил в основном на ознакомление с французской научной мыслью – сочинениями Фернана Броделя, Люсьена Февра, Марка Блока и других авторов, работы которых не всегда были доступны в Югославии. Именно у французской «Школы анналов» Экмечич перенял восприятие истории как сложносоставного целого, где войны неотделимы от аграрных отношений, политика – от литературы и искусства и даже веяниям моды находится место. В дальнейшем Милорад Экмечич неоднократно возвращался в США, будучи приглашенным профессором Университета штата Мичиган в Энн-Арборе, где находится один из главных центров американской славистики. Здесь уместно отметить, что академик Экмечич свободно владел английским и итальянским языками, читал на русском, французском и немецком. Это сделало для него возможной работу в архивах Москвы, Лондона, Парижа, Вены, Берлина, Турина, Будапешта и Кракова.
В 1968 году Экмечич становится профессором Сараевского университета, читает курсы «Всеобщая история в Новое время» и «Методология исторических исследований». В том же году сорокалетний профессор оказался вовлечен в студенческие волнения, которые весной – летом 1968 года охватили всю Европу, не исключая Югославию. Милорада Экмечича студенты ценили и уважали: в отличие от многих других преподавателей, ему предложили поучаствовать в прениях о ситуации в стране, положении молодежи и университетском самоуправлении. Экмечич поддержал студентов, выступавших против «красной буржуазии», а также покритиковал власти Югославии за то, что они берут займы везде без разбора. «Меня спросили из зала про отношения с США, я ответил, что мы фактически строим коммунизм на американские деньги», – вспоминал академик. Выступление Экмечича под названием «Тезисы для диалога» было напечатано как брошюра тиражом 11 000 экземпляров, она очень быстро распространилась за пределами Сараева. Констатируем, что административной карьеры после 1968 года Милорад Экмечич не сделал – он продолжал беспрепятственно публиковать статьи и монографии, но не стремился получить под свое начало ни кафедру, ни тем более факультет.
В 1972 году Милорад Экмечич стал одним из авторов «Истории Югославии», вместе с историками Иваном Божичем и Симой Чирковичем, а также биографом Тито Владо Дедиером. Книга должна была излагать историю страны в доступной широкому читателю манере, без излишней наукообразности, но и без упрощенчества. С этой задачей авторы справились, а книга сразу же была переведена на основные мировые языки. В 1978 году Экмечич стал почетным членом Сербской академии наук и искусств (САНУ). В 1980-е годы историк постепенно отходит от критики югославской модели социализма с марксистских позиций и смещается в сторону сербского патриотизма. Итогом этой эволюции стал монументальный двухтомный труд (общим объемом более тысячи страниц) «Создание Югославии (1790–1918)», вышедший в 1989 году. В этой работе Милорад Экмечич впервые высказывает тезис о том, что сербы растворили свою потребность в национальном государстве в югославянской идее, а хорваты не захотели этого сделать. Причем главным столпом хорватской идентичности, противопоставляемой идентичности югославской, стала католическая церковь.
В 1990 году, после того как в Югославии была разрешена деятельность политических партий (до этого существовал только Союз коммунистов), Милорад Экмечич на какое-то время оказался в гуще политической борьбы. Он стал одним из создателей Сербской демократической партии в Боснии и Герцеговине и должен был войти в коллективное руководство Югославии (Председательство Президиума СФРЮ) как представитель Боснии и Герцеговины. Однако это место смог сохранить старый член Президиума Богич Богичевич. Имя этого человека большинству читателей в России незнакомо, меж тем есть мнение, что именно Богичевич является виновным в кровопролитных югославских войнах начала 1990-х. 12 марта 1991 года Президиум обсуждал предложение Югославской народной армии о введении в стране чрезвычайного положения, голоса членов Президиума разделились поровну, и чрезвычайное положение не было введено, причем решающим стал голос Богичевича, примкнувшего к противникам этой идеи. Сын Милорада Экмечича Илия вспоминал: «Богичевич, очевидно, не дорос до занимаемой им должности, не осознавал важность момента. Если бы членом Президиума был мой отец, события пошли бы по совсем другому пути». Тогда же, в 1991 году, Экмечич впервые встретился со Слободаном Милошевичем, по его воспоминаниям, разговор получился интересный, но лишенный практического смысла: «Милошевич полагал, что я могу повлиять на Радована Караджича, но на самом деле я никакого влияния на него не имел». Десять лет спустя академик Экмечич по просьбе бывшего лидера Сербии и Югославии выступил свидетелем защиты в Гаагском трибунале.