Сначала ФБР сосредоточило все внимание, вызванное утечкой информации, на своих сотрудниках. Но проверка показала, что никто из них не был к этому причастен.
Затем свое расследование провело Министерство юстиции, так как все упоминавшиеся в деле документы проходили через криминальное управление. Остается загадкой, почему подозревать стали именно мисс Коплон. По свидетельству ФБР, именно на нее указал в декабре 1948 года их тайный информатор. На сленге ФБР таким информатором часто называют подслушивающие устройства. Вполне возможно, что к концу 1948 года ФБР прослушивало всех сотрудников отдела регистрации. Их было всего пятеро. Еще одно объяснение — на Джуди агентов вывел жучок на служебном телефоне Губичева. Сама она признала, что по крайней мере один раз звонила ему по служебному телефону.
Самая сенсационная версия была высказана бывшим агентом ФБР Мэттом Кветиком, много лет работавшим в рядах коммунистов. Мэтт заявил, что именно он указал на Коплон. «Мне это подсказала одна не слишком умная коммунистка. Мы пили кофе в ресторане, и она начала хвалить женщин-коммунистов».
Кветик вспоминал, что та сказала ему: «Одна из нас работает сейчас в Министерстве юстиции, а ФБР об этом даже не подозревает. Она один из лучших агентов, она делает все для революции». Однако ФБР не стало рассматривать эту версию, назвав ее наивной.
В первую неделю 1949 года Уильям Фоли, сменивший Уирти на посту руководителя отдела регистрации агентов, вошел в кабинет Джуди и увидел, что она читает доклад о работе советских шпионов. Заглянув в него, Фоли сказал: «А у меня есть новый».
«Можно мне посмотреть?» — спросила Джуди.
«Не знаю, — ответил он. — Он с грифом „Секретно“».
Следующий день стал самым удивительным в его карьере. Его вызвали в кабинет Пейтона Форда, помощника Генерального прокурора, который сказал, что Джуди Коплон, лучший специалист по коммунизму, подозревается в хищении секретных докладов и «передаче их какому-то русскому».
Фоли приказали отстранить Джуди от работы с делами по внутренней безопасности, не вызывая ее подозрений. В это же время в служебный телефон мисс Коплон был вмонтирован микрофон, записывавший разговоры Джуди в кабинете и по телефону. «Жучки» были также установлены в ее вашингтонской квартире и в доме ее матери в Бруклине.
В деле Коплон ФБР использовало двадцать «жучков» в Вашингтоне и столько же в Нью-Йорке. После того как стало ясно, что она встречалась именно с Губичевым, начали прослушивать и его домашний телефон. Прослушивание не прекратилось и после ареста. В Нью-Йорке записывались разговоры Джуди и ее адвоката.
Раздраженный тем, что утечка была в его отделе, Фоли влетел в кабинет Джуди и вытащил из стола ящик с документами по внутренней безопасности, сказав, что он ей больше не потребуется. Когда мисс Коплон потребовала объяснений, ее шеф сказал, что она должна посвятить себя только регистрационной работе, а дела о внутренней безопасности будут переданы недавно пришедшей в отдел Рут Россон.
Джуди была оскорблена произошедшими переменами, решив, что это было проявлением критики ее способностей. Она ни минуты не подозревала, что была под наблюдением. Через несколько дней она спросила у Фоли, не собираются ли ее уволить. Он ответил: «Вас могут уволить в любой день. Если какой-нибудь начальник прочитает список сотрудников отдела регистрации, он может решить, что нам не нужен политический аналитик, и вас сразу же уволят».
«Знаете, — сказала Джуди, — я собираюсь сдавать экзамены, и я могу получить уровень П-4». (У Джуди не было определенного статуса в гражданской службе, ее приняли по специальному плану.)
Хотя над Джуди уже сгущались облака, она продолжала интересоваться докладами, которые больше не находились в ее ведении. Вскоре она спросила у Фоли: «Когда я смогу увидеть тот секретный доклад?» Фоли ответил, что она вряд ли сможет ознакомиться с ним.