Прежде всего были организованы специальные отделы при генштабах наземных войск и морском флоте. Насаждалась железная дисциплина.
Под контролем органов НКВД были все предприятия и учреждения. Наказания за малейшую провинность были жесточайшими. (талин и органы взывали к чувству патриотизма, насаждая советский порядок.
Поражения, огромные потери в начале войны отрицательно сказались на состоянии духа в армии. Это беспокоило Сталина. Ненавидимые в армии политкомиссары в 1942 году были упразднены. Комиссар 44-й армии, разгромленной под Керчью в мае 1942 года армией под командованием фон Манштейна, Мехлис был отстранен от должности, понижен и унижен.
Для поднятия духа населения Сталин разрешил открывать церкви, ввел в армии погоны и ордена, как в царской армии, переименовал крейсер «Севастополь», назвав его «Парижская Коммуна», как в 1915 году, утвердил новый гимн Советского Союза вместо Интернационала. Спецотделы были отозваны из генштабов армий и теперь работали при «Смерше», подчинявшегося непосредственно Совету Обороны.
Военная разведка действовала автономно, не мешая армейским военным операциям. Во главе «Смерша» был назначен Виктор Семенович Абакумов. Это был человек с Кавказа. Его настоящее имя — Аба Кун. Доверенный человек Сталина, помощник Берии, руководивший операциями военной контрразведки с 1941 года, он был жестоким фанатиком, готовым на все ради обнаружения шпионов и предателей.
Отозвав спецотделы из армии, Сталин не отказался от контроля за офицерским составом и бойцами. Он поручил это «смершевцам», только действовать они должны были более осторожно, но столь же эффективно. При штабе армии количество «смершевцев» не превышало 100 человек. Теперь уже не кричали «смерть шпионам», исподволь их вылавливали.
Контрразведка стала более действенной. Теперь не арестовывали, чтобы тут же расстрелять. Необходимо было действовать тонко, разоблачая врага, чтобы иметь возможность перевербовать его и за ставить работать на себя. Так были завербованы немецкие офицеры в лагере военнопленных и перевербованы некоторые агенты аб вера. Результаты этой работы были ощутимы.
Советские агенты вскоре работали на оккупированных территориях как у себя дома. Созданная на основе НКВД служба КГБ засылала своих связных в партизанские отряды.
В начале войны партизанская война велась хаотично. Это были отставшие от своих подразделений отряды бойцов, прятавшиеся в лесах, отдельные добровольцы. Только с мая 1942 года советский народ, познавший жестокость оккупантов, стал активно вливаться в партизанские отряды. Был создан Штаб партизанского движения. Руководил работой этого Штаба маршал Климент Ефремович Ворошилов. Как лихорадка, поражающая здоровый организм, партизанское движение трясло тело вермахта, пока не вытрясло из него душу.
Сталин любил короткие и четкие формулировки. Он так опре делил задачу партизанского движения:
Переводчик, участвовавший в допросах советских пленных или партизан перед расстрелом, был сотрудником КГБ. Секретарь немецкой администрации, передававший жалобы населения, был из КГБ. Сотрудники КГБ работали в полевой жандармерии, гестапо, в столовых. Женщины, мывшие полы или перестилавшие постель немецкому офицеру штаба, были сотрудницами секретной службы.
Теперь все разговоры, все движения немцев были под контролем. Это парализовало их, внесло неуверенность в недавних победителей. Часто информация, добытая разведчиками секретной службы, передавалась партизанским отрядам. Начался путь в обратную сторону, усеянный немецкими могильными крестами.
Партизаны совершали покушения на высшее командование рейха оккупированных территорий. Это были заранее продуманные и просчитанные акции. Немецкие репрессии только вызывали гнев населения и желание бороться. В расчет терактов входило и уничтожение с помощью немцев антикоммунистических элементов и отклонистов.
Двойная игра КГБ иногда принимала макиавеллиевские формы, граничащие с гениальностью. Украинская униатская церковь враждовала с Украинской православной церковью.
Два епископа, представлявшие эти церкви, Мануил и Олексий, не переставали препираться, доказывая во время богослужения свою правоту. Это отвлекало население от политических вопросов. Ответ был простым — и тем и другим епископами манипулировало КГБ.
В ведении секретной войны высшее мастерство заключается в том, чтобы заставить противника выполнять грязную работу, чтобы самим остаться в тени, не засветиться. У советской секретной службы был опыт такого рода. Немецкие секретные службы получали много доносов от населения на партизан, разведчиков, евреев, членов партии. Ответом оккупантов был расстрел или виселица. Так сталинский режим расправлялся со своими отклонистами и подозрительными лицами.
Примером такой политической чистки может быть дело полковника Курочкина.