Однако устранить противостояние между государством, активным в сфере воспитания, и низшими слоями не удалось. Идея Штапфера о новой народной школе, руководствовавшейся принципами Просвещения, была, с одной стороны, отвергнута на селе как непозволительное вмешательство в закрытые жизненные миры, а с другой — оказалась нефинансируемой. Был осужден на провал и его план создания национального университета, призванного объединить в гельветический национальный дух «гений» Франции, Германии и Италии, проявившийся в равноправных теперь регионах Швейцарии.
Дальнейшие несбывшиеся ожидания и перевороты, воспринятые как провокация, вызвали сопротивление широких кругов. Так и не удалось найти приемлемое для сельского населения и в то же время практичное решение относительно уплаты основных обременении. О полной отмене этих пережитков феодальной эпохи, чего требовали радикалы, для большинства, представлявшего собой образованную буржуазию, не могло быть и речи. Как во Франции и Италии, так и в Швейцарии она голосовала за то, чтобы рассматривать обременения (кроме отношений кабальной зависимости) в качестве гражданской собственности и тем самым сделать их подлежащими погашению. Первый план, предусматривавший благоприятные условия выкупа, оказался нефинансируемым. Более поздние решения снова сильнее перенесли акценты не в пользу крестьян. Непопулярности нового государства способствовали дальнейшие новые налоги и всеобщая воинская повинность. Сколь ценимой была профессия свободного, всеми уважаемого наемного солдата, столь же ненавистной стала принудительная служба в огромной армии Наполеона. Глубокое раздражение вызвало повсюду и то обстоятельство, что централизованное государство отменило старое самоуправление в форме семейных союзов, соседских объединений и общин. Утрата «малой родины» воспринималась в альпийских регионах, а также в бывших фогтствах по ту сторону Альп особенно болезненно. Характерно, что здесь представители сельской знати голосовали за максимально возможную политическую фрагментацию — за независимость своих деревенских республик или за региональную автономию на основе собственной сельской общины, за самую популярную на селе модель, альтернативную господствующему порядку. Те же причины имели решающее значение для того, чтобы локальные руководящие слои к югу от Сен-Готарда отдавали предпочтение не присоединению к Цизальпинской Республике, или позднейшему Итальянскому королевству, а вступлению нового кантона Тессин в Конфедерацию. В качестве до некоторой степени «второго наилучшего» решения этот вид самостоятельности сулил местным элитам более заманчивые сферы деятельности, чем централистское государственное образование на Юге, зависимое от Наполеона или его вице-короля.
Под знаком нестабильности (между 1800 и 1802 гг. на самом верхнем уровне государства имели место не менее четырех переворотов) начались поиски конституции, более соответствующей швейцарским условиям. Ими руководил первый консул Бонапарт. Новая Гельветическая конституция, названная по имени резиденции Наполеона «мальмезонской», укрепляла позиции кантонов. Снова здесь был и тагзатцунг; он избирал исполнительный орган Малого совета, важнейшим членом которого являлся председательствующий глава кантонального правительства. Правда, давно известные наименования должностей едва ли могли заслонить то обстоятельство, что за ними скрывались полномочия сильного центрального правительства нового образца. Такой пересмотренный порядок не мог добиться признания в долговременной перспективе. Уже через несколько месяцев, в июне 1802 г., граждане Швейцарии получили возможность проголосовать по поводу дальнейшей версии конституции, разработанной собранием влиятельных лиц. Хотя голосов, поданных «против», оказалось больше, чем «за», так называемая конституция знати вступила в силу — голоса воздержавшихся оценивали как согласие! Новый основной закон предусматривал распределение власти и задач между центром и кантонами, которое можно расценивать как компромисс между сторонниками унитарного и федерального государственного устройства. Уступка консервативным кругам заключалась в статье первой, снова вводившей государственную христианскую религию в форме католического и реформатского вероисповеданий.