Действительную военную службу И.В. Прохватилов проходил на Черноморском флоте. После ее завершения поступил в Севастопольскую морскую школу водолазов. Закончив учебное заведение в 1932 году, направлен на Дальний Восток в подразделение ЭПРОНа (Тихоокеанская экспедиция). И.В. Прохватилов освоил проведение подводные подрывных работ, после чего участвовал в строительстве пирсов во Владивостоке и Советской Гавани, участвовал в спасении ряда кораблей. Учитывая высокие профессиональные и организаторские качества молодого специалиста, в 1936 году И. В. Прохватилов был направлен на курсы офицерского состава при военно — морском водолазном техникуме. В 1941 году он закончил спецклассы Высшего военно — морского училища имени М. В. Фрунзе, получив квалификацию штурмана. Здесь его застала война. После окончания войны он был назначен начальником водолазной школы Балтийского флота, а затем водолазным специалистом в аварийно — спасательный отдел (АСО) штаба 4-го (Юго — Балтийского) флота. В 1951 году Прохватилов являлся научным сотрудником водолазного отдела (с 1951 года — специальной лаборатории) НИИ № 11 ВМФ СССР. Только в 1953 году по состоянию здоровья он ушел в запас в звании капитана 2-го ранга. Всю оставшуюся жизнь Прохватилов посвятил военно-патриотическому воспитанию молодежи.
В тот же день, когда 11 августа 1941, на Балтике была создана первая в СССР действующая часть подводного спецназа, 11 августа 1941, подводная лодка Черноморского флота «Щ — 211» в районе города Варны (Болгария), в 150 метрах от берега на пяти резиновых лодках была высажена группа, состоявшая из 14 (по другим данным, из 16) болгарских диверсантов. Подразделение возглавлял руководитель Военной комиссии ЦК Болгарской коммунистической партии Цвятко Радойнов. Это было первое в мире использование подводных лодок для высадки разведгруппы на побережье противника.
Вторая высадка ещё одной болгарской разведгруппы произошла с подводной лодки С — 32, в ночь с 28. на 29 августа.1941, в районе между селом Шкорпиловци и устьем реки Камчия. В этот раз группа состояла из 9 человек, а руководил диверсантами Мирко Петков. Позже подводные лодки Черноморского флота не раз осуществляли доставку советских десантно-диверсионных групп к различным участкам крымского побережья, но высадки на берег неизменно осуществлялись в надводном положении. Это было одной из причин больших потерь среди личного состава и даже полной гибели подразделений.
Сначала РОН комплектовалось из состава водолазов ЭПЮН и легководолазов, а затем из числа добровольцев 1-го Балтийского флотского экипажа. После сокращенной подготовки рота особого назначения 7 сентября 1941 года была передана в подчинение разведотдела штаба БФ. Курировал подразделение заместитель начальника разведывательного отдела штаба Балтийского флота по агентурной разведке капитан 3-го ранга Л. К. Бекренёв.
Биографическая справка: Леонид Константинович Бекренёв (1907-1997). С 1924 года служил в ВМФ. В 1931 году окончил высшее военно-морское училище имени Фрунзе и в 1932 году — Специальные курсы командного состава ВМС. В 1932-1935 годах помощник, а затем начальник сектора Разведывательного управления РККА. Был одним из тех, кто готовил к работе знаменитого разведчика Рихарда Зорге. В 1935-1938 годах Бекренёв — помощник начальника разведывательного отдела штаба Черноморского флота, затем начальник одного из отделений разведывательного отдела штаба Черноморского флота. Участвовал в Гражданской войне в Испании (1936–1939 годы), где занимался вербовкой перспективной агентуры из числа иностранных добровольцев — интернационалистов, воевавших на стороне республиканцев. В то время в Испании находилось около сорока пяти тысяч волонтеров из пятидесяти четырех стран мира. Были еще иностранные журналисты, аферисты и другие искатели приключений. В 1941 году, Бекренев получает должность начальника второго отделения разведывательного отдела штаба Северного флота. С конца 1942 года до сентября 1943, капитан 2-го ранга Бекренев — начальник разведывательного отдела штаба Балтийского флота. В его подчинении находилась также рота особого назначения водолазов-разведчиков. С сентября 1943 по ноябрь 1945, он начальник разведывательного отдела штаба Северного флота. После окончания Великой Отечественной войны контр-адмирал Бекренёв — помощник начальника Разведывательного управления Главного морского штаба, заместитель, а затем начальник второго главного управления Морского генерального штаба. С октября 1953 — начальник Первого управления ГРУ Генерального штаба Вооруженных сил СССР. В 1962-1963 годах — военно — морской атташе в США. В 1963-1967 годах — заместитель начальника ГРУ Генштаба. В 1967 году ему было присвоено воинское звание «адмирал». С 1967 по 1973 год Бекренев — начальник Военно — дипломатической академии. Награжден орденом Ленина, четырьмя орденами Красного Знамени, двумя орденами Красной Звезды, орденами отечественной войны I и II степени, орденом «Знак Почета», многими медалями.