Мероприятия боевой подготовки личного состава части начались в январе 1954 года, а начиная с мая 1954, подразделения 6-го разведпункта начали принимать участие в учениях Черноморского флота, совместно с подразделениями бригады торпедных катеров, а затем и с подразделениями подводных лодок.
К 1955 году разведпункт закончил организационное оформление и начал проводить интенсивную боевую подготовку водолазов — разведчиков. Была создана материально техническая база и учебные кабинеты водолазной и морской подготовки, штурмовая полоса и спортивный городок. Имелись казарма на 130 человек, камбуз, столовая, плац, КПП, два четырёхквартирных дома для офицерского состава.
С 1955 года разведывательные группы разведпункта проводили боевую подготовку в горных и степных районах Крымского полуострова, а также в прибрежных районах Черного и Каспийского морей, у городов Одессы, Новороссийск, Каспийска, Николаева, Батуми, Поти.
В том же 1955 году личный состав 6-го МРП кроме водолазной, освоил и новый вид боевой подготовки — воздушно-десантную. В ходе первых сборов по парашютно — десантной подготовке, которые проходили под Евпаторией, каждый водолаз — разведчик совершил по шесть прыжков с парашютом на сушу и на воду.
В феврале 1957, новым командиром части был назначен капитан 2 ранга Алексеев Иван Онуфриевич. — офицер разведки флота. Имея значительный опыт разведывательно — диверсионной работы в годы Великой Отечественной войны, этот поистине легендарный человек сумел вывести часть на качественно новый уровень подготовки. В период его командования на базе разведпункта были проведены экспериментальные испытания подводных аппаратов для передвижения боевых пловцов «Тритон», «Сирена» и «Протей», а также дыхательного аппарата ИДА-58П.
К 1959 году, в соответствии с «Планом разведки флота по оперативной готовности № 1» были проведены преобразования в структуре морских разведывательно — диверсионных частей. Поэтому, в 1959 году морской разведпункт состоял из двух отрядов водолазов — разведчиков и отряда водолазов — радиотелеграфистов и радиометристов. Численность морского разведпункта — 124 человека, из них 56 бойцов, остальные — технический персонал.
Отряд водолазов — разведчиков (разведывательно — диверсионный отряд) состоял из двух разведывательно — диверсионных группа. Отряд водолазов — радистов и радиометристов (разведывательный отряд) состоял из десяти разведывательных групп.
При формировании новой структуры, в состав 6-го МРП была включена подводная лодка М-112. Но к моменту окончания структурных преобразований остро встал вопрос круглогодичной подготовки водолазов и водителей подводных средств движения.
Постепенно неудобство размещения разведпункта в мелководной бухте Омега, к тому же находящейся недалеко от центра Севастополя, потребовало его передислокации в другое более подходящее место.
Поэтому, в марте 1961, приказом командующего Черноморским флотом 6-й МРП был передислоцирован из Севастополя в новый пункт постоянной дислокации — на остров Первомайский (Крепостной, Батарейный, Майский) напротив города Очаков. Передислокация позволила проводить регулярную боевую подготовку в полигонах на Тендровской и Кинбурнской косы.
На новом месте у личного состава 6-го МРП, стали регулярными совместные учения с кораблями, подводными лодками, береговыми частями флота, пограничными войсками, а так же органами и войсками МВД.
В ходе этих совместных учений личный состав разведывательного пункта выполнял учебно — боевые задачи по прорыву государственной границы, высадке на побережье противника, ведению разведки военно — морских баз, уничтожению объектов условного противника и т. п.
Учения проводились на реальных объектах и в условиях реального противодействия пограничных войск и органов и войск МВД. В ходе этих учений группы боевых пловцов всегда отлично выполняли поставленные перед ними задачи.
Осенью 1962 года, в Крыму, в поселке Орджоникидзе, близ города Феодосии были проведены испытания возможностей и порядка транспортировки по воздуху вооружения и специальной техники, стоящей на вооружении 6-го МРП. Испытывались носители водолазов, буксировщики, пеналы для транспортировки раненных и пленных, грузовые контейнеры, мины, средства связи и радиоэлектронной разведки. В результате испытаний группы водолазов-разведчиков получили возможность перебрасываться по воздуху с полным комплектом вооружением и снаряжением, получив таким образом максимальную мобильность.
По результатам проверки, проведенной комиссией Главного разведывательного управления Генерального штаба (ГРУ ГШ) в 1963 году, боеготовность морского спецназа ЧФ была признана высокой. Комиссия пришла к выводу, что личный состав 6-го морского разведывательного пункта подготовлен к высадке с подводной лодки, а так же к десантированию парашютным способом на пересеченную местность с грузами в ночных условиях.