Протестантские церкви в Венгрии — лютеранского и кальвинистского толка — придерживались принципа паритета духовенства и мирян. Их пресвитерианско-синодальное церковное управление предоставляло протестантам сравнительно большую свободу, чем в австрийской части монархии, где действовала консисторская система. Протестантское духовенство объединяли более демократические структуры, чем живущее в строгой субординации католическое. Однако ввиду слабой материальной базы протестанские церкви зависели от государственной поддержки их институтов, школ, приходских священнослужителей и учителей.
Вследствие этой материальной зависимости они разделяли правительственную идеологию единой политической нации, т. е. мадьяризацию.
В начале XX в. к лютеранам принадлежало 430 000 словаков (24% словаков по всей Венгрии и 14% всех жителей на территории Словакии), и это в 210-ти чисто словацких церковных общинах, в 79-ти словацко-венгерских, в 9-ти словацко-немецких и в 26-ти трехязычных. Высокий авторитет родного языка в протестантской традиции и большая децентрализация протестантской церкви позволили словацкому национальному движению опираться на местные и региональные церковные структуры. Еще перед революцией 1848—1849 гг. в автономном управлении протестантской церкви активизировалось венгерское дворянство, рьяно насаждавшее мадьяризацию. Послереволюционные предложения Яна Коллара и Карола Кузмани о реорганизации протестантизма в Венгрии были направлены на ослабление влияния светских патронов, т. е. венгерской аристократии.
Проект Кузмани об изменениях в организации управления лютеранской и кальвинистской церквей лег в основу так называемого Протестантского патента, который император издал в 1859 г. в качестве имеющего силу закона для Венгрии. Новая территориальная организация суперинтендантства принимала во внимание территорию Словакии и позволяла словакам и немцам более или менее сплоченно выступать против засилья венгров. Новообразованное Братиславское суперинтендантство под руководством Кузмани ставило перед собой высокую задачу выполнять функцию словацкой национальной церкви, но после смерти Кузмани в 1866 г. оно перестало существовать. В соответствии с патентом было реорганизовано только 229 лютеранских церковных общин, преимущественно словацких. Интенсивная борьба венгров против патента, который они расценивали как воплощенный диктат Вены, организационная неподготовленность словаков и постепенные уступки Вены под давлением венгерских политиков привели после 1867 г. к ликвидации созданных патентом условий.
Лютеранский синод в 1894 г. принял новое территориальное деление, которое сильно ущемило положение словацких протестантов. Однако демократическая организация церкви предоставляла определенное поле деятельности не только проправительственным протестантам, но и «антивенгерским диссидентам», т. е. национально сознательным словакам. Когда генеральный конвент не дал разрешения на внутримиссионерское общество «Траносциус» с мотивировкой, что тем же целям служит уже существующее «Общество Лютера», словаки основали «Траносциус» как акционерное общество (1897 г.). С1899 г. они ежегодно собирались на внутримиссионерских и пастырских конференциях, которые стали корпоративным членом международного Лютеранского союза. Росло количество протестантских журналов. В начале XX в. наряду с чешским языком Кралицкой Библии во многих храмах уже переходили на словацкий как равноценный богослужебный язык.
Угроза секуляризации заставляла и протестантскую церковь внешне и внутренне мобилизоваться. Развивается внутреннее мисиионерство как протестантское движение за ликвидацию материальной и моральной нищеты, в помощь беднякам и больным. Возникают словацкие, венгерские и немецкие внутримиссионерские общества. Братиславский пастор и сениор Карол Эуген Шмидт основывает венгерскую женскую диаконию — институт протестантских сестер милосердия. Вне главного русла протестантской благотворительности в сфере религиозного возрождения, социальной заботы и борьбы с алкоголизмом действует общество «Синий крест» (Кристина Ройова с сестрой в Старой Туре).