Национализм, один из основных столпов людацкого режима, вступил в конфронтацию со всеми национальными меньшинствами. После Венского арбитража в Словакии осталось около 60 тысяч венгров; в качестве их политического представителя режим разрешил выступать
Русинское меньшинство также было представлено в сейме, хотя и не имело собственной политической организации, как немцы и венгры. Государство поддерживало русинское течение против украинского, а в церковной политике — униатство. Русинская проблематика не была первоочередной в сфере интересов правительства, русинские элиты не представляли в то время серьезного конкурента словацким. Радикальный национализм режима проявлялся особенно в отношении чехов и евреев.
Уже в период автономии братиславское правительство добилось от Праги перемещения в Чехию 9 тысяч государственных служащих. После марта 1939 года наступила очередь и других: военнослужащих, железнодорожников, почтовых служащих, управленческих работников, педагогов, судей, технических служащих, врачей. До лета 1940 г. число чешских государственных служащих сократилось до 2 205, свое положение сохранили незаменимые специалисты, мужья словацких женщин и т. д. Принудительное выселение менее затронуло служащих частных фирм и предпринимателей, общее сокращение числа чехов по сравнению с 1939 г. достигло по примерным оценкам 1
/3, Из опасения переселения в Протекторат, где жизненные условия были гораздо более неблагоприятны, часть чехов заявила о себе уже при переписи 1938 г. как о словаках или немцах. Чехи были предметов непрестанных нападок со стороны радикалов, которые видели в них пятую колонну, агентов чехословацкого эмигрантского правительства в Лондоне, и периодически выдвигали требование «полного очищения» Словакии. Выселение большинства чехов, хотя и без грубых эксцессов, подпитывало в чешском обществе ощущение словацкой «измены», государственной неблагонадежности, что выразительно проявилось в спорах и рассуждениях о положении Словакии в восстановленной Чехословацкой республике, как во время, так и после войны, и имело отголоски вплоть до 1992 года.Диктатура, агрессивная атмосфера и политические условия, созданные в ходе войны нацистской Германией, содействовали переходу традиционного людацкого антисемитизма к жестоким, систематическим и определяемым государством формам, которые в конечном счете вели к уничтожению большинства словацких граждан иудейского вероисповедания.
В 1939 г. на территории Словацкой республики проживало около 90 тысяч евреев, в том числе несколько тысяч беженцев из Германии, Австрии и иностранных граждан. Иммигрантов прежде всего постигли преследования и насильственное выселение уже автономного словацкого правительства. Пропаганда обвиняла евреев в том, что они стали причиной Венского арбитража, кампания, проводимая в прессе и посредством листовок, подготавливала почву для акций, которые начали проводиться после марта 1939 г.