Последующие годы были отмечены битвами, которые вели к опустошению целых областей. Характерной чертой эпохи стало непостоянство венгерского дворянства, которое использовало гражданскую войну в своих личных интересах. Многие дворяне переходили из одного лагеря в другой, придавая при этом первостепенное значение преумножению своих собственных владений. По всей стране царили экономическое запустение и нравственный упадок, вызванные эгоизмом расчетливого, корыстного дворянства и союзом с турками. С самого начала гражданская война имела ярко выраженный национальный характер. Запольский и его последователи представляли борьбу за венгерскую корону как борьбу против влияния немцев и прочих иноземцев. Фердинанд I именовал своего соперника узурпатором и — за союз с османами — предателем христианства. Несмотря на превосходящие силы сторонников Запольского и в особенности турецких подразделений, Фердинанд I сумел упрочить свою власть в пограничных областях на западе, в Хорватии и в северных, горных районах Словакии. Помимо Братиславы и Поважья, он полностью контролировал горнопромышленные города в средней Словакии, комитат Спиш и важные крепости по Дунаю (Комарно, Эстергом и Вишеград). Власть его противника была сосредоточена в Альфельде, на юго-востоке страны и в особенности в Трансильвании.
После борьбы, длившейся более десяти лет, и нескольких попыток прийти к мирному соглашению оба короля решили покончить с конфликтом. По Варадскому (совр. Орадя Маре в Румынии. —
Борьба Яна Запольского за венгерский престол, характеризовавшаяся в старой венгерской историографии как борьба за национальную монархию, завершилась сначала разделом страны на две части, а вскоре после этого — полной катастрофой королевства. Несомненно, Варадский мир создавал условия для возможного решения проблемы. Однако в свете растущих центробежных тенденций в Трансильвании и активного вмешательства Оттоманской Порты во внутриполитический конфликт в Венгрии воссоздание прежнего единства королевства оставалось иллюзией.
После смерти Яна Запольского в 1540 г. Венгрия оказалась вновь втянута в борьбу за право наследства. Более многочисленная армия Габсбургов, нанятая на деньги из аугсбургских банков, с середины июня 1541 г. осаждала Буду, которая осталась в руках сторонников сына Запольского и его наследника Яна Сигизмунда (Яноша Жигмонда). Основная масса габсбургского войска была разбита в последовавшем за тем сражении, и 29 августа 1541 г. турки без борьбы взяли Буду. Султан провозгласил область между Дунаем и Тисой территорией, подвластной Османской империи. Прежняя столица Буда стала центром пашалыка и отправной точкой новых набегов. В1543 г. турки предприняли большую кампанию в Венгрии и после трехнедельной осады заняли Эстергом. На противоположном берегу Дуная они построили укрепленный плацдарм Дженгерделен Паркан. Это стало первой турецкой крепостью на территории Словакии. На следующий год часть комитатов Гонт, Теков, Новоград и Эстергом перешли под власть османов. После этих побед турки пошли на пятилетнее перемирие, заключенное в 1547 г. в Эдирне. Фердинанд получил мир и временную безопасность своих земель, но за это он обязывался выплачивать султану Сулейману ежегодную дань в размере 30 тыс. флоринов.
Новая война разразилась в 1552 г., когда наемники Фердинанда и наспех созванные комитатские отряды попытались сдержать турецкие части, рвавшиеся захватить область горнопромышленных городов в средней Словакии. В августе 1552 г. близ Плаштёвце они потерпели сокрушительное поражение от Хадим-паши. В последующие годы наступление османов продолжалось, и турки на долгие годы захватили южнословацкие области. В 1554 г. они овладели крепостью Филяково, которая стала центром Филяковского санджака (района).