В средневековой Венгрии школы и образование находились на низком уровне. Неграмотность была распространенным явлением среди дворянства, и в конце XV в. все еще значительное число низшего духовенства и комитатских служащих было полностью или частично неграмотным. С приходом гуманизма, Ренессанса и Реформации в XVI в. начался новый этап в развитии школ и образования. Если в конце средневековья в Венгрии насчитывалось всего около 100 школ, то к концу XVI в. только в одной Словакии было более ста лютеранских школ. Рост числа школ сопровождался улучшением качества образования, в особенности в больших городах (Бардеёв, Левоча, Кошице, Банска Быстрица). Под воздействием Реформации протестантское дворянство начало основывать свои собственные школы даже в малых городах. Как говорится в «Законах Бардеёвской школы»
Католическое образование основывалось на постановлениях Тридентского собора. В XVI в. благодаря усилиям архиепископа эстергомского Миклоша Олаха Трнава стала главным учебным центром. Олах объединил городскую школу со школой капитула и ввел в учебную программу философские дисциплины. Трнавская школа стала прототипом для более поздних католических и протестантских коллегиумов. С начала XVII в. наиболее видную роль в развитии католического образования играли иезуиты. Изначально они работали только в Трнаве, Клашторе-под-Зневом и Шале. Позднее орден иезуитов основал гимназии в Братиславе, Комарно, Тренчине, Кошицах. В начале XVIII в. из двадцати католических гимназий на территории Словакии 14 были иезуитскими, остальные принадлежали ордену пиаристов. Для сравнения, в конце XVI в. у лютеран было по крайней мере 16 городских и 8 дворянских школ, которые можно считать гимназиями или высшими латинскими школами, и их число возросло до 70 к 1640 г.
Несмотря на расширение доступа к образованию внутри страны, традиция получения образования в иностранных университетах была жива в словацком обществе даже после открытия католического университета в словацких землях в XVII в. Студенты из Словакии посещали университеты Вены, Кракова и Падуи, а также Страсбурга, Праги и Парижа. Для лютеран единственным путем получения университетского образования и ученой степени была учеба за рубежом, и в XVI—XVII вв. сотни студентов из Словакии посещали лютеранские университеты Германии, в особенности Виттенберг, Тюбинген, Иену, Росток и Лейпциг. В XVI в. примерно из 1000 студентов из Венгрии, зарегистрированных в Виттенбергском университете, 360 были родом с территории современной Словакии.
Петер Пазмань при поддержке императора Фердинанда II в 1635 г. в Трнаве основал университет — иезуитский
В первой половине XVII в. лютеранские сословия рассматривали возможность основания лютеранского университета в Венгрии или Трансильвании. План Гашпара Иллешхази открыть лютеранский университет в Тренчине, в котором преподавали бы профессора, приглашенные из Германии, так и остался на бумаге из-за нехватки финансов и сопротивления как со стороны католического духовенства, так и императора. Под давлением рекатолизации лютеранское или протестантское образование в Словакии в первой половине XVII в. стало приходить в упадок. Из-за обращения магнатов в католическую веру многие евангелические школы были закрыты или потеряли свой статус гимназии из-за прекращения финансовой поддержки. Несмотря на это, по инициативе ректора прешовской лютеранской гимназии Яна Байера в 1667 г. в Прешове был основан лютеранский коллегиум, который