После смерти Святополка в Великоморавской державе наступил кризис. Территориальная экспансия в сторону окрестных государств была уже нереальна, страну истощали расходы, связанные с управлением обширной державы и содержанием военных гарнизонов на завоеванных землях. К тому же здесь набирали силу центробежные тенденции и стремление избавиться от обязательной уплаты дани великоморавскому властителю. Положение великоморавской державы осложнялось еще и внутридинастическим кризисом, который вылился в открытую борьбу между верховным правителем Моймиром II и его младшим братом, удельным князем в Нитре Святополком II. Их борьбу за власть начали использовать в целях своего главенства соседи, особенно Восточнофранкская империя и недавно пришедшие сюда мадьярские племена.
Святополк умер в 894 г., его преемник Моймир II заключил с баварцами мир и уступил им Паннонское княжество, которое, однако, в том же году подверглось опустошительному нападению со стороны мадьяр. В следующем году от Великой Моравии откололись чешские племена. В июле 895 г. чешский князь Спитигнев I явился в Регенсбург и вместе с другими чешскими князьями признал баварское верховенство. Баварцы обещали им также защиту от мораван, которые, говорят, доныне жестоко их угнетали. В 896 г. Великая Моравия лишилась Потисья, которое захватили и навсегда осели здесь венгерские (мадьярские) племена. В 897 г. от мораван отпали и полабские сербы.
В конце IX в. произошел братоубийственный военный конфликт между Моймиром II и Святополком П. В 898 г. в эту войну вмешались баварцы. Император Арнульф послал на помощь Святополку II сильное войско, которое захватило страну. И хотя в следующем году баварцы повторили опустошительный поход, они не смогли уберечь своего подопечного. Князь Моймир II велел заточить его в темницу, но баварцам вскоре удалось освободить Святополка и увезти с собой. Моймир заключил союз с маркграфом Восточной марки Исанриком, и войско мораван помогло ему завладеть территорией между рекой Энс и Видинским лесом. О кратковременном урегулировании обстановки в Великой Моравии свидетельствует тот факт, что в 898 или 899 г. князь Моймир II попросил римскую курию восстановить великоморавскую церковную провинцию. После чего папские легаты посвятили одного архиепископа и трех подчиненных ему епископов. Один из новопосвященных епископов стал управлять епископством в Нитре.
Значительная часть мадьяр и после 896 г. оставалась севернее Карпат. Но в 898—899 гг. они передвинулись в Карпатскую котловину. Потисье уже было занято их соплеменниками, поэтому им надо было искать новую территорию. Прежде всего под ударом с их стороны оказалось Паннонское княжество в южном Задунавье, управлять которым император Арнульф поручил князю Браславу. В конце лета 899 г. они вторглись в Италию, разгромили короля Беренгара и до самого конца июня 900 г. совершали разорительные операции в Ломбардии. Однако в начале июля они вернулись в Паннонию и совместно с мораванами опустошили и навсегда завладели территорией Паннонского княжества. Участие мораван в разорении Паннонского княжества явилось ответом на предыдущее баварско-чешское опустошение Моравии. Но осенью 900 г. недолгий моравско-мадьярский союз распался. В конце года мадьяры силой отняли у мораван северо-восточную часть Задунавья. Это обстоятельство заставило Моймира II заключить в январе 901 г. мир с баварцами, который, по-видимому, касался и их союзников — чехов.
Мадьяры, воинственный кочевой народ, в начале X в. стали грозой всего среднедунайского пространства. Поскольку Карпатская котловина не предоставляла им достаточного простора для их традиционного занятия скотоводством, им приходилось восполнять недостающее набегами и грабежом окрестного оседлого населения. Объектами их нападений было славянское население и особенно германские страны, где они регулярно захватывали богатую добычу. В 901 г. опустошительный набег в Карантании обернулся поражением мадьярского войска. В следующем году они напали на мораван, которым пришли на помощь баварцы. Мадьяры одолели вспомогательное баварское войско, но войска мораван обратили их в бегство. В 903 г. мадьяры опять напали на баварцев. Вражду между баварцами и мораванами с одной стороны и мадьярами — с другой крайне усугубило вероломное убийство мадьярского военачальника Кусала (Кусана), которого баварцы пригласили на дружеский пир и вместе с ним перебили всех его сопровождающих. Мадьяры в первую очередь сосредоточились на ближайшем и более слабом противнике — мораванах. По всей вероятности, в 906 г. при обороне своей страны погиб Моймир II и вместе с ним преобладающая часть его дружины. Тем самым был положен конец и великоморавской государственности. Свое военное превосходство над христианскими европейскими войсками венгерские племена подтвердили в 907 г. в битве под Братиславой, в которой они полностью разгромили войско баварцев и стали контролировать Карпатскую котловину.