После подписания Эдирнского мирного договора и обретения автономии Трансильванским княжеством под контролем Габсбургов остался лишь «костяк» былого королевства Венгрия. Вплоть до конца XVII в. Королевская Венгрия включала в себя около трети расчлененного королевства, максимум 30 комитатов, из которых лишь 10 находились за пределами территории современной Словакии. Земли, отошедшие к Габсбургам, сохранили название и традиции прежней монархии и дезинтеграция страны воспринималась всего лишь как временное явление. Императоры и сословия заявляли о своем стремлении освободить оккупированные области и воссоздать территориальную целостность страны.
Вскоре после Мохача беженцы, прежде всего дворяне, но также горожане и зависимые крестьяне из южных областей, подвергшихся нападениям турок, начали переселяться в более безопасные предгорья Карпат. Туда же переместились венгерские органы управления и церковные институты. Согласно распоряжению, изданному в 1536 г., Братислава стала столицей Венгрии. Хотя и прежде Братислава была важным политическим и торговым центром, ее вряд ли можно было сравнить с Будой, которая благодаря своему географическому положению, казалось, была предназначена служить королевской резиденцией. После того как Запольский в 1529 г. захватил Буду, самый главный финансовый институт — Венгерская казенная палата, организованная Фердинандом I всего за год до этого, была переведена в Братиславу. Она управляла государственной собственностью, собирала налоги и военные подати. Начиная с 1563 г. Братислава служила коронационным городом венгерских правителей, здесь же регулярно созывались венгерские сеймы (иногда сеймы проходили в других городах — Трнаве, Банской Быстрице, Шопроне и Крупине). В Братиславе также находилось Наместничество, созданное в 1542 г. (а в 1724 г. преобразованное в Венгерский королевский наместнический совет. —
Изначально сбор налогов и податей на северо-востоке страны был поручен командиру Спишского замка. Спишская палата, размещенная в Кошицах, была образована только в 1567 г. Уже в правление Фердинанда I Венгерская казенная палата подчинялась Дворцовой казенной палате в Вене. Подати и наиболее доходные государственные предприятия, прежде всего рудники в средней Словакии, находились в прямом подчинении венской Дворцовой казенной палаты. Подчиненное положение Венгерской казенной палаты и тот факт, что ее чиновники набирались в основном в Германии или альпийских землях, стало предметом острой критики со стороны местного венгерского дворянства.
Вскоре после османского вторжения Трнава превратилась в важный церковный центр. Турецкая угроза вынудила эстергомский капитул и главу католического клира королевства Венгрия — архиепископа эстергомского — с 1543 г. поселиться в этом городе. Однако в силу того, что архиепископ эстергомский был важной политической фигурой, ему нередко приходилось подолгу гостить в соседней Братиславе. Архиепископ и капитул вернулись в свою традиционную резиденцию Эстергом только после 1820 г.
Другие церковные иерархи и институты также бежали от османов на территорию Словакии. В 1596 г, в Кошицах разместилась резиденция эгерского епископа и эгерский капитул. К тому времени печский епископ проживал в городе уже почти полвека, и варадский епископ также в течение некоторого времени имел своей резиденцией Кошице.
2. Реформация, Контрреформация и внутриполитические конфликты
2.1. Начало и распространение протестантской гуманистической Реформации
Симптомы общего упадка церкви проявились в Венгрии уже в течение XV в. Симония, непотизм, занятие нескольких должностей и абсентеизм, равно как и обмирщение клира были очевидны всем и нередко подвергались критике. Значительная часть иерархов церкви жила скорее светскими, чем духовными интересами, не слишком обременяя себя церковными делами. При получении церковных должностей важную роль играли родство, связи и деньги. Более того, высокие церковные и светские должности часто вверялись иностранцам. В1486 г. родственник королевы Беатрисы, семилетний Ипполито д'Эсте был назначен архиепископом эстергомским и стал кардиналом в возрасте 14 лет. Несмотря на свое крестьянское происхождение, Тамаш Бакоц возвысился, став дьерским, затем эгерским епископом и, наконец, архиепископом эстергомским. Он использовал свое огромное влияние при попытках с помощью взяток проложить себе путь к папскому престолу. В ответ венгерский сейм в 1514 г. принял закон, согласно которому лицо крестьянского происхождения, т. е. недворянин, не может быть епископом; и если таковой уже был назначен епископом, ему можно было не платить десятину.