В записке в Президиум ЦК от 19 марта 1954 года генерального прокурора СССР Р. А. Руденко и министра внутренних дел С. Н. Круглова отмечалось, что в лагерях, колониях и тюрьмах содержатся 467 946 осужденных за контрреволюционные преступления (немалую долю среди которых составляют предатели, каратели и пособники немецко-фашистских оккупантов), а в ссылке после отбытия основного наказания за контрреволюционные преступления находятся еще 62 462 человека. В то же время подчеркивалось, что с августа 1953 по 1 марта 1954 года в органы прокуратуры поступило 78 982 обращения граждан с ходатайствами о реабилитации, в связи с чем предлагалось создать специальную комиссию по пересмотру дел осужденных.
В результате в мае 1954 года Президиум ЦК КПСС принял решение об образовании Центральной комиссия по рассмотрению жалоб граждан, осужденных за контрреволюционную деятельность по статье 58 Уголовного кодекса РСФСР 1928 года. Данная статья имела десять частей, предусматривавших различный состав преступлений: от шпионажа, диверсии и вредительства до терроризма, антисоветской агитации и пропаганды.
На основании выявленных Центральной комиссией фактов, имевших место в КГБ СССР, КГБ союзных и автономных республик, а также в управлениях КГБ по краям и областям, под руководством Генеральной прокуратуры СССР и нижестоящих прокуроров были созданы аналогичные специальные комиссии для пересмотра уголовных дел. В ходе работы этих комиссий вскрывались многочисленные случаи нарушения законности в процессе ведения следствия и необоснованного привлечения к уголовной ответственности граждан, что влекло пересмотр их дел, смягчение формулировок обвинения с досрочным освобождением осужденных либо сокращение сроков наказания вплоть до фактически отбытого.
Двадцать девятого апреля 1955 года генеральный прокурор СССР Руденко докладывал Президиуму ЦК КПСС о результатах работы Центральной комиссии в отношении осужденных за «контрреволюционные преступления»: были пересмотрены уголовные дела на 237 412 человек, при этом было отказано в смягчении наказания 125 202 проходившим по ним лицам. Комиссией были отменены приговоры или прекращены уголовные дела в отношении 8973 человек, что означало их реабилитацию: были освобождены из мест лишения свободы 21797 человек, отменена ссылка 1371 осужденному. Помимо этого были сокращены сроки наказания 76 344 осужденным, и в отношении 2891 из них составы преступления были переквалифицированы на менее тяжкие.
В соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 17 сентября 1955 года «Об амнистии советских граждан, сотрудничавших с оккупантами в период Великой Отечественной войны» были освобождены из заключения бывшие военнослужащие РККА и ВМФ, осужденные за сдачу в плен врагу.
Показателен в связи с этим пример повторного осуждения фашистского пособника Г. Васюры. В 1952 году Военным трибуналом Киевского военного округа к двадцати пяти годам лишения свободы был приговорен Григорий Васюра, бывший старший лейтенант РККА, попавший в плен 29 июня 1941 года и служивший в украинских полицейских частях, созданных оккупантами. В 1955 году Васюра был освобожден по амнистии. Впоследствии, в связи с вновь открывшимися обстоятельствами об участии гауптмана СС Васюры, начальника штаба 118-го полицейского батальона, в руководстве уничтожением жителей белорусского села Хатынь, в январе 1987 года трибуналом Белорусского военного округа Г. Н. Васюра был приговорен к высшей мере наказания. Вероятно, он является последним фашистским пособником, получившим заслуженное возмездие в Советском Союзе за свои злодеяния в годы Великой Отечественной войны.
В процессе работы комиссий по пересмотру архивных следственных дел по контрреволюционным преступлениям также вскрывались факты нарушений законности, применения недопустимых методов ведения следствия и необоснованного привлечения обвиняемых к уголовной ответственности. И эти факты не оставались без должной правовой оценки работниками прокуратуры. По обстоятельствам, вскрывавшимся в процессе пересмотра уголовных дел в 1954–1957 годах, а также по результатам следствия в отношении высокопоставленных работников органов госбезопасности, началось выявление и привлечение к ответственности лиц, виновных в нарушениях социалистической законности.
Как позднее подчеркивал, выступая на сессии Верховного Совета СССР в июле 1989 года, последний председатель КГБ СССР В. А. Крючков, только в 1954–1957 годах за грубые нарушения законности, приведшие к необоснованным репрессиям, к уголовной ответственности были привлечены 1342 сотрудника НКВД – МГБ, причем некоторые из них были приговорены к высшей мере наказания (расстрелу), в том числе и ряд бывших руководителей органов НКВД – МГБ, как в Центре, так и на местах. Еще 2370 человек понесли наказания в партийном и административном порядке (были уволены из органов КГБ, исключены из КПСС, лишены пенсий, воинских званий).