Истолковав Манифест 17 октября как снятие всех запретов и под влиянием эсеровских решений II съезда крестьян (6—10 ноября, Москва), подтверждавших принцип национализации земли, стали бунтовать крестьяне. Кульминационной точки их волнения достигли в ноябре — декабре 1905 г. Движение охватило главным образом Симбирскую, Курскую, Черниговскую и особенно Саратовскую губернии. В ряде мест были разгромлены все помещичьи усадьбы. Правительство вынуждено было прибегнуть к суровым мерам — послать карательные войска, объявить во многих местах чрезвычайное положение, — чтобы остановить беспорядки, однако летом 1906 г. они возобновились. В разгар волнений консервативные силы организовали так называемые черные сотни, по образцу казачьих сотен. В них набирали как крестьян, так и городских люмпен-пролетариев, разжигая в них старые чувства антисемитизма. Пользуясь благосклонным покровительством царской полиции, черные сотни устраивали многочисленные погромы. Только за один октябрь число их перевалило за 150 — в основном в южных городах, где еврейское население составляло довольно значительный процент. 8 ноября при попустительстве Витте с помощью Трепова и нового министра внутренних дел Дурново крайне правые круги создали «Союз русского народа» во главе с А.Дубровиным и В.Пуришкевичем. Провозгласив лозунг «Православие, самодержавие и народность», они призвали к борьбе против «внутренних врагов».
Самым значительным испытанием, выпавшим на долю правительства Витте в последние месяцы 1905 г., оказалось его противостояние Санкт-Петербургскому Совету, а затем и Московскому Совету рабочих депутатов. Санкт-Петербургский Совет, сформировавшийся 13 октября во время всеобщей забастовки преимущественно из депутатов, избранных на предприятиях, и членов революционных партий, сумел добиться постоянного роста своего влияния и в конце концов стал представлять интересы половины наемных рабочих столицы. Так, после публикации Октябрьского манифеста, стоящий во главе Совета адвокат-меньшевик Хрусталев-Носарь продолжал агитировать рабочих за борьбу вплоть до полной победы над царской властью. 2 ноября Совет призвал рабочих на новую всеобщую забастовку, требуя от царского правительства отменить военное положение в Польше и суд над кронштадтскими мятежниками. Однако три дня спустя Совет вынужден был свернуть забастовку, так и не добившись уступок от правительства. Спустя некоторое время Совет провозгласил восьмичасовой рабочий день на заводах, но владельцы объявили локаут, и Совету пришлось «временно приостановить» введение объявленных мер. Повторные поражения вызвали у рабочих чувство бессмысленности борьбы, чем воспользовалось правительство для контратаки. 25 ноября власти арестовали Хрусталева-Носаря; его сменило коллективное руководство Советом, среди членов которого выделялся молодой талантливый оратор, меньшевик Троцкий. 3 декабря во время заседания были задержаны все 267 делегатов Совета. Таким образом, Санкт-Петербургский Совет рабочих депутатов за пятьдесят пять дней своего существования из обычного стачечного комитета сумел превратиться в некий рабочий парламент, где большинство рабочих столицы, пользуясь немыслимой еще несколько месяцев назад свободой собраний и слова, смогло познакомиться с политическим словарем и понятиями, которые раньше были в ходу только у немногих посвященных. Санкт-Петербургский Совет продолжил опыт Ивановского Совета. К концу 1905 г. в главных промышленных центрах страны уже насчитывалось несколько десятков Советов.