В первые же дни новой власти Рада отказалась признать большевистский Совнарком законным правительством страны, потребовала его замены представительным социалистическим правительством и объявила о независимости Украины. На созванном в Киеве съезде Советов Украины сторонники Рады получили большинство. Большевики покинули этот съезд и в Харькове собрали собственный, признавший себя единственным законным правительством Украины и заявивший о полном подчинении центральной власти. 12 декабря харьковские большевики выдворили из Исполнительного комитета Совета представителей других партий. 6 тыс. красноармейцев и моряков под командованием Антонова-Овсеенко начали военные действия против Рады. 9 февраля советские войска вступили в «буржуазный» Киев. При этом не обошлось без «крайностей». Рада попросила помощи у центральноевропейских держав, с которыми она вела переговоры о мире в Брест-Литовске. 1 марта германские войска вошли в Киев, где была восстановлена власть Рады, но под опекой оккупационной армии.
Третий фронт гражданской войны находился в Восточной Сибири. Десятки тысяч чешских и словацких солдат, отказавшись защищать австро-венгерскую империю, объявили себя военнопленными по отношению к «русским братьям» и получили разрешение добраться до Владивостока, чтобы затем присоединиться к французской армии. Согласно договору, заключенному 26 марта 1918 г. с советским правительством, эти 30 тыс. солдат должны были продвигаться «не как боевое подразделение, а как группа граждан, располагающая оружием, чтобы отражать возможные нападения контрреволюционеров». Однако во время продвижения участились ее конфликты с местными властями. Поскольку боевого оружия у чехов и словаков было больше, чем предусматривалось соглашением, власти решили его конфисковать. 2 6 мая в Челябинске конфликты перешли в настоящие сражения, и чехословацкие войска заняли город. Через несколько недель они взяли под контроль многие города вдоль Транссибирской магистрали, имеющие стратегическое значение, такие, как Омск, Томск, Екатеринбург и другие. С этого времени мощная армия (в то время 30 тыс. вооруженных людей являлись крупной воинской группировкой на советской территории) перерезала жизненную артерию, связывающую европейскую часть России с Сибирью.
Наступление чехов получило незамедлительную поддержку эсеров, организовавших в Самаре Комитет из депутатов разогнанного Учредительного собрания (Комуч), который призвал крестьян к борьбе «против большевизма, за свободу». Казань, Симбирск, Уфа примкнули к Комучу. Однако мобилизация, объявленная Комитетом, продлилась недолго: население не желало служить в какой бы то ни было армии. Только рабочим Ижевска и Воткинска, разогнавшим большевистские Советы, удалось собрать народную армию в 30 тыс. человек. В результате реквизиции местных арсеналов она была неплохо вооружена. Ижевско-Воткинский комитет заявил о своей солидарности с Комучем.
8 сентября после нескольких неудачных попыток Комучу удалось созвать в Уфе совещание оппозиционных сил. На нем присутствовало около 150 делегатов, половина из них — эсеры. Были представители кадетов, три меньшевика и члены группы «Единство», близкой к Плеханову. Делегаты разделились на две группы. Левое крыло требовало создания правительства, которое признавало бы Учредительное собрание и на него опиралось; правое во главе с кадетами настаивало прежде всего на создании сильного коллегиального органа власти, независимого от какого бы то ни было выборного собрания. Споры продолжались две недели — наконец победила вторая точка зрения. На совещании было создано Временное всероссийское правительство — Уфимская директория, куда вошли эсеры Авксентьев и Зензинов — лидеры Комуча, кадет Астров, генерал Болдырев умеренных взглядов и Вологодский — премьер-министр Временного сибирского правительства, недавно созданного в Омске и гораздо более правого, чем Комуч. С самого начала директория была обреченным на провал компромиссом. 8 октября пала Самара, вновь взятая большевиками, что окончательно ослабило позицию левых. Влияние правых сил в Омске, наоборот, возросло. Вологодский потребовал возврата земель их бывшим владельцам. ЦК эсеров резко осудил эту меру и порвал с директорией. 19 ноября 1918 г. адмирал Колчак и присоединившиеся к нему офицеры царской армии свергли директорию. Разобщенная и бессильная демократическая оппозиция была поглощена военной контрреволюцией.