Армянский народ столетиями уничтожался и изгонялся со своей земли могущественными соседями. Самым болезненным для жителей республики был вопрос Нагорного Карабаха — горного сельскохозяйственного региона, по преимуществу населенного армянами. Однако, по решению Наркомнаца он в 1921 г. был присоединен к Азербайджану. Оскорбление, которое было нанесено этим присоединением национальным чувствам армян, усугублялось еще и тем, что в однопартийной системе административная субординация затрагивала буквально все аспекты жизни. Предпочтение оказывалось азербайджанскому меньшинству во всем: в распределении жилья, в приеме на работу, в системе образования и строительстве промышленных предприятий. В 1988 г. недовольство приняло открытые формы. Был создан специальный Комитет по Карабаху. В его состав вошли, в основном, писатели, ученые и журналисты, а также, на правах частных лиц, правительственные чиновники. Отделения Комитета были созданы на заводах, в учреждениях и институтах, что очень напоминало организационную структуру КПСС, причем отделения Комитета стали серьезными соперниками парторганизаций. В феврале в демонстрации, организованной Карабахским комитетом, приняло участие по меньшей мере полмиллиона человек. Демонстранты требовали присоединить Карабах к Армении. Комитет также опубликовал при помощи Верховного совета Армении несколько своих решений.
В ответ азербайджанцы незамедлительно учинили кровопролитие. В промышленном азербайджанском городе Сумгаите, расположенном на побережье Каспийского моря, за два дня погромов были убиты десятки, если не сотни армян. Многие армяне убеждены, что происходило все это при попустительстве местных азербайджанских властей. Реакция Москвы была более сдержанной, но тоже негативной. В конце концов в Карабахе было установлено прямое правление Москвы. Для патрулирования Еревана и предотвращения бегства местных жителей в регион были введены войска. Воспользовавшись замешательством, возникшим в результате страшного землетрясения в Армении в декабре 1988 г., московские власти арестовали одиннадцать ведущих представителей Комитета — но под давлением общественности были вынуждены в июне 1989 г. освободить их. Несколькими месяцами позже Москва признала свою недееспособность и аннулировала особый статус Нагорного Карабаха, снова присоединив его к Азербайджану. В ответ на это Верховный совет Армении провозгласил образование Объединенной Республики Армения, имевшей в своем составе и Нагорный Карабах.
Программа азербайджанского Народного фронта была очень похожа на прибалтийские, однако в ней специально подчеркивалось, что суверенитет Азербайджана подразумевает также контроль над Нагорным Карабахом. Коммунистическое правительство подвергалось острой критике за неспособность его обеспечить. В сентябре 1989 г. Народный фронт призвал к всеобщей забастовке протеста, которая означала также экономическую блокаду Карабаха и Армении. В декабре некоторые наиболее радикальные члены Фронта пришли к власти в пограничном городе Ленкорань. После этого они сломали проволочные заграждения и захватили контрольно-пропускные пункты, чтобы устроить братание со своими соотечественниками по ту сторону иранской границы.
13 января 1990 г. в Баку состоялся хорошо подготовленный съезд Народного фронта. На нем очень острой критике подвергся первый секретарь республиканской партийной организации Везиров. Его критиковали за “раболепие перед Москвой” и требовали его отставки. Другим требованием съезда было проведение референдума по вопросу об отделении от СССР. После этого огромные толпы, среди которых было много азербайджанских беженцев из Армении, начали охоту за армянами, которые пока что оставались в Баку. Комментатор московского радио заметил по этому поводу, что, казалось, будто современный город вернулся в средневековье. Вначале Советская Армия не предпринимала никаких действий, но через несколько дней, когда погромы начали уже затихать, ввела военное положение, вошла в город и с невиданной жестокостью восстановила в нем порядок. По официальным данным, за эти дни в городе было убито по меньшей мере 150 человек.