Вступив на новую должность в МВД, Джунковский предпринял целый ряд либеральных реформ в деятельности политической полиции. Была запрещена деятельность политической полиции в армии. Также циркуляром от 1 мая 1913, запрещалась вербовка в качестве секретных сотрудников лиц, не достигших совершеннолетия (по тогдашним стандартам 21 года), был уволен со службы ряд высокопоставленных чиновников и офицеров политической полиции.
Продолжая работу по либерализации агентурной деятельности, Джунковский пришёл к выводу о необходимости удаления секретных сотрудников полиции из Государственной Думы. В конце апреля 1914,. председатель IV Государственной Думы Родзянко передал Малиновскому приказ Джунковского о немедленном сложении им депутатских полномочий и выезде за пределы России.
Получив 10 тысяч рублей, Малиновский 8 мая 1914, неожиданно для остальных депутатов Думы и членов ЦК РСДРП (б) уехал за границу.
Немотивированный отъезд Малиновского, скорее, похожий на бегство, вызвал политический скандал. Со стороны других политических партий в Думе, особенно эсеров, всё ещё не оправившихся от дела Азефа, посыпались обвинения в адрес большевиков, проглядевших, мол, матёрого провокатора в своей среде.
Под влиянием этого скандала ЦК РСДРП (б) создал специальную следственную комиссию под председательством Я. С. Ганецкого, члены В. И. Ленин и Г. Е. Зиновьев, приступившую к расследованию. В ходе своей деятельности комиссия, не найдя никаких улик, обвиняющих Малиновского в сотрудничестве с полицией, обратилась за помощью к близкому к эсерам публицисту Бурцеву, который после разоблачения им Азефа, считался признанным специалистом по борьбе с полицейской агентурой в революционной среде. На запрос комиссии о сотрудничестве Малиновского с полицией, Бурцев ответил отрицательно. После этого комиссия приняла решение: не считая Малиновского агентом полиции, исключить его из партии за дезертирство с партийной работы.
Дальнейшая судьба Малиновского складывалась следующим образом. После начала Первой мировой войны он находился на территории Германии, был интернирован германскими властями, как русский поданный. После заключения между Германией и Советской Россией Брестского мира, произошел обмен военнопленными и интернированными. По этому обмену Малиновский прибыл в Россию, где был вскоре опознан, арестован и по приговору ревтрибунала в конце 1918 года был расстрелян.
Усиление агентурной работы политической полиции против большевиков вынуждали большевистские организации обращать особое внимание на борьбу с проникновением полиции в свою среду.
Борьба эта велась с помощью различных методов и средств. Первоначальными были организационные мероприятия, направленные на усиление конспирации и затруднения тем самым полицейского воздействия на подполье.
Система этих организационных мер была разработана В. И. Лениным в конце XIX - начале XX в. и включала в себя: 1) отказ от кружков с их обилием личных связей между членами, переход к партийным организациям и чисто деловым отношениям между входящими в них членами. 2) Внутри организации проведения принципа специализации по основным направлениям деятельности организации, причём: участники одной специализированной структуры не должны знать ничего сверх того, что необходимо им для выполнения своих функций внутри той структуры, в которой они работают, ни о деятельности других структур организации, ни тем более организации в целом. 3) Разграничение легальной и нелегальной работы. Легальная работа - это проверка деловых и личных качеств будущих членов подпольной партийной организации, а так же использование легальных способов для проведения массовых мероприятий.
Кроме коллективной конспирации подпольной организации в целом, В. И. Ленин обращал внимание на индивидуальную конспирацию её членов, которую он видел в соблюдении следующих основных правил: 1) прекращение обывательских хождений членов организации друг к другу, встречи исключительно по делам организации; 2) сокращение до минимума личной переписки членов подпольных организаций, недопущение в письмах каких-либо намёков на подпольную деятельность пишущего или получающего письмо; 3) чаще менять место проживания; 4) чаще менять вагоны общественного транспорта при поездках по городу, избегать в них разговоров на политические темы, не говоря уже о подпольной работе; 5) избегать разговоров о делах, связанных с делами подполья у себя дома и в общественных местах; 6) не иметь или по крайней мере не оставлять на долгое время у себя на работе и дома предметов, могущих уличить в подпольной деятельности.
Однако в период революции 1905 года и особенно после её окончания стало ясно, что только организационной и личной конспирацией, имевших в общем пассивный характер, явно недостаточно для успешной работы в условиях, когда партия стала объектом основного внимания политической полиции. Это требовало от партии новых более активных методов создания специальных органов для борьбы с полицейской агентурой.